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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004844

染色体: Chr02 坐标: 70570664-70571957 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004844
名称SmilChr02G004844
描述hydrophobic protein LTI6B
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70570664 - 70571957 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008841
GeneID131008841
locus_tag-
NCBI NameLOC131008841
原始查询LOC131008841

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hydrophobic protein LTI6B
产物hydrophobic protein LTI6B
ArabidopsisAT3G05880 (RCI2A)
Low temperature and salt responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819757]
identity=74.1; qcov=0.982; evalue=7.93e-25; confidence=medium
RiceOs05g0138300 (OsLti6b)
-
identity=83; qcov=0.964; evalue=1.32e-27; confidence=medium
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF01679 (Pmp3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008841

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057791900.1
2 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057791900.1
3 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.20000 XP_057791900.1
4 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057791900.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791900.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70570846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B99
Chr2:70571012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791900.1
55 aa
N
1
28
55
Pmp3
C
PF01679 Pmp3 6-52 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791900.1 Pfam PF01679 Pmp3 Family 6 52 1.3e-21 77.0 Proteolipid membrane potential modulator

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935917.1
GTAGTATATATTAATGCGTAACCCCATTCTTAAATTTCATTCCCAACTTTGGAAGTCTTGTTATATAATCTCCACATCAAATAGAAGGAAATTATTTTGTTTCATTTGTGAAAAATGGCAGCAGCAACTTGTATTGATATTATTGTGGCAATTATTTTGCCCCCTCTTGGAGTCTTCCTCAAGTTCGGCTGCAAGCATGAGTTCTGGCTATGTTTGCTGCTGACCCTTCTCGGTTATATTCCTGGGATCATATATGCTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008841
ATGGCAGCAGCAACTTGTATTGATATTATTGTGGCAATTATTTTGCCCCCTCTTGGAGTCTTCCTCAAGTTCGGCTGCAAGCATGAGTTCTGGCTATGTTTGCTGCTGACCCTTCTCGGTTATATTCCTGGGATCATATATGCTGTCTACGCCATCACCAAGAACTAG

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791900.1
MAAATCIDIIVAIILPPLGVFLKFGCKHEFWLCLLLTLLGYIPGIIYAVYAITKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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