当前解析结果
SmilChr02G004857| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004857 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004857 |
| 描述 | tip elongation aberrant protein 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 70711405 - 70717791 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008856 |
|---|---|
| GeneID | 131008856 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008856 |
| 原始查询 | LOC131008856 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | tip elongation aberrant protein 1-like |
| 产物 | tip elongation aberrant protein 1-like |
| Arabidopsis | AT1G18610 (AT1G18610)Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838442] identity=60.1; qcov=0.817; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0300900- identity=33.1; qcov=0.548; evalue=4.01e-48; confidence=low |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01344 (Kelch_1); PF07646 (Kelch_2); PF24681 (Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7); PF24981 (Beta-prop_ATRN-LZTR1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008856 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057791933.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057791933.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057791933.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791933.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791933.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:70712357 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C39,C85 |
Chr2:70712365 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B113,B56,B91 |
Chr2:70712554 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B78,C16,D1 |
Chr2:70712559 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr2:70712589 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B24,B33,C74 |
Chr2:70712640 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,C12 |
Chr2:70712692 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr2:70712926 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr2:70712999 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B107,B124,B130 |
Chr2:70713432 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,D8 |
Chr2:70713470 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C40 |
Chr2:70713472 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B79,C18 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791933.1PF24681
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 3-194 aa
PF01344
Kelch_1 72-111 aa
PF24981
Beta-prop_ATRN-LZTR1 97-233 aa
PF01344
Kelch_1 122-167 aa
PF24981
Beta-prop_ATRN-LZTR1 148-303 aa
PF07646
Kelch_2 177-219 aa
PF01344
Kelch_1 177-220 aa
PF24681
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 179-316 aa
PF01344
Kelch_1 227-273 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791933.1 |
Pfam | PF24681 |
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 | Repeat | 3 | 194 | 3.7e-82 | 275.6 | KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain |
XP_057791933.1 |
Pfam | PF01344 |
Kelch_1 | Repeat | 72 | 111 | 9e-38 | 128.1 | Kelch motif |
XP_057791933.1 |
Pfam | PF24981 |
Beta-prop_ATRN-LZTR1 | Repeat | 97 | 233 | 2.2e-49 | 169.0 | Attractin/LZTR1 beta-propeller |
XP_057791933.1 |
Pfam | PF01344 |
Kelch_1 | Repeat | 122 | 167 | 9e-38 | 128.1 | Kelch motif |
XP_057791933.1 |
Pfam | PF24981 |
Beta-prop_ATRN-LZTR1 | Repeat | 148 | 303 | 2.2e-49 | 169.0 | Attractin/LZTR1 beta-propeller |
XP_057791933.1 |
Pfam | PF07646 |
Kelch_2 | Repeat | 177 | 219 | 1.7e-28 | 97.8 | Kelch motif |
XP_057791933.1 |
Pfam | PF01344 |
Kelch_1 | Repeat | 177 | 220 | 9e-38 | 128.1 | Kelch motif |
XP_057791933.1 |
Pfam | PF24681 |
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 | Repeat | 179 | 316 | 3.7e-82 | 275.6 | KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain |
XP_057791933.1 |
Pfam | PF01344 |
Kelch_1 | Repeat | 227 | 273 | 9e-38 | 128.1 | Kelch motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。