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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004894

染色体: Chr02 坐标: 70965750-70969187 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004894
名称SmilChr02G004894
描述ubiquitin-conjugating enzyme E2 2
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70965750 - 70969187 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008892
GeneID131008892
locus_tag-
NCBI NameLOC131008892
原始查询LOC131008892

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin-conjugating enzyme E2 2
产物ubiquitin-conjugating enzyme E2 2
ArabidopsisAT2G02760 (UBC2)
ubiquiting-conjugating enzyme 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814805]
identity=96; qcov=1; evalue=8.3e-110; confidence=high
RiceOs07g0166800 (OsUBC7)
-
identity=96.7; qcov=1; evalue=3.16e-110; confidence=high
GO-
KEGGsmil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00179 (UQ_con)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008892

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791977.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791977.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057791977.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057791977.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057791977.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70967444 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 103 A11,A14,A16,A2,A21,A4,A6,A9,B10,B101,B102,B103,B106,B11,B110,B111,B112,B114,B119,B12,B120,B121,B122,B124,B127,B131,B133,B134,B14,B20,B23,B25,B26,B28,B3,B30,B31,B38,B39,B48,B49,B55,B58,B59,B64,B66,B67,B68,B7,B73,B75,B78,B8,B81,B83,B84,B87,B88,B89,B9,B93,B97,B98,B99,C11,C13,C15,C16,C19,C2,C20,C30,C33,C37,C4,C40,C42,C45,C46,C48,C5,C50,C51,C59,C61,C62,C64,C66,C67,C69,C72,C76,C77,C79,C80,C84,C86,C87,D1,D2,D5,D7,D8
Chr2:70968804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B84,C21,C28
Chr2:70968888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B32,C39,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791977.1
152 aa
N
1
76
152
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 8-144 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791977.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 8 144 1e-53 181.4 Ubiquitin-conjugating enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935994.1
ATTTATTCCTCTCAAAGAAGGAAGGAAGGCCCAGCTGAAAGAGACCATGGTGATTGCCAGTGAGAAAGTGGGGACACCTCTTTGAGCCATGACCCAATCCCCAAATCAAGCAATAGTATACACATCACATCCATATAAATTTATACACAAATACAAATACAAAATATATATTTACACGCCATACTAATATAAAGATTCGATTTTTCCTCTTCCCCTTTTCTTCACTCGAGCTCCATCCCTGCTCTCCAACAAGACTTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008892
ATGTCGACTTCAGCTCGAAAGAGACTGATGAGGGACTTCAAGAGGTTGCAGCACGACCCGCCTGCTGGTATCAGTGGAGCGCCGCAAGATAACAACATTATGCTCTGGAATGCTGTTATATTCGGTCCTGATGATACACCGTGGGATGGAGGTACGTTCAAGTTGACCCTTCAGTTCACCGAAGATTATCCAAACAAGCCACCAACAGTTCGATTTGTTTCTAGAATGTTTCACCCAAATATTTATGCGGATGGAAGTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791977.1
MSTSARKRLMRDFKRLQHDPPAGISGAPQDNNIMLWNAVIFGPDDTPWDGGTFKLTLQFTEDYPNKPPTVRFVSRMFHPNIYADGSICLDILQNQWSPIYDVAAILTSIQSLLCDPNPNSPANSEAARMFSENKREYNRRVREIVEQSWTAD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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