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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004896

染色体: Chr02 坐标: 70977969-70979822 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004896
名称SmilChr02G004896
描述cytochrome P450 94A2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70977969 - 70979822 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008893
GeneID131008893
locus_tag-
NCBI NameLOC131008893
原始查询LOC131008893

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 94A2-like
产物cytochrome P450 94A2-like
ArabidopsisAT5G63450 (CYP94B1)
cytochrome P450, family 94, subfamily B, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836464]
identity=45; qcov=0.936; evalue=1.04e-157; confidence=high
RiceOs03g0223100
-
identity=44.9; qcov=0.898; evalue=1.68e-149; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGGsmil00073 (Cutin, suberine and wax biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008893

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057791978.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057791978.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791978.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791978.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791978.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70978027 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B57
Chr2:70978027 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B57
Chr2:70978108 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 66 A1,A13,A14,A16,A21,A23,B100,B101,B105,B114,B117,B121,B122,B126,B13,B132,B134,B2,B20,B34,B4,B45,B47,B54,B57,B58,B59,B6,B62,B67,B70,B72,B76,B78,B83,B88,B89,B93,B94,C11,C13,C15,C18,C2,C27,C36,C39,C41,C46,C48,C52,C53,C54,C56,C57,C59,C61,C63,C65,C69,C80,C9,D10,D11,D2,D5
Chr2:70978156 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 108 A10,A11,A19,A2,A20,A22,A23,A24,A3,A4,A5,A6,B101,B106,B111,B112,B113,B118,B119,B123,B125,B126,B128,B129,B131,B135,B136,B139,B15,B19,B2,B25,B28,B3,B30,B31,B33,B36,B37,B38,B39,B44,B45,B46,B48,B50,B51,B53,B55,B56,B58,B63,B65,B7,B70,B71,B72,B73,B76,B77,B8,B80,B83,B85,B86,B87,B88,B9,B90,B92,B94,B96,B97,C10,C13,C16,C19,C20,C21,C23,C24,C26,C29,C3,C31,C36,C4,C42,C44,C45,C5,C50,C54,C58,C59,C6,C60,C7,C73,C76,C77,C79,C8,C83,C84,D1,D10,D9
Chr2:70978566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,C74
Chr2:70978575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr2:70978693 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B74,C64,C66
Chr2:70978695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B98,C24,C51
Chr2:70978800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,C49,C81
Chr2:70978893 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,C23,C82
Chr2:70978922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C80
Chr2:70979096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791978.1
560 aa
N
1
280
560
p450
C
PF00067 p450 138-535 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791978.1 Pfam PF00067 p450 Domain 138 535 5.5e-61 207.5 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935995.1
GTTCAACGCCTGCATCATCTTAAATAAAATGCAAAGAAGATTCATAAAAAGATCACATGATTTAAAAACCTTATACTGGTTGACAAGAAATCTCCCTGACCCAAACCACAAATTTATCTCCTTTAGAGTTCACACACGACAAAAAAACCTTCATAAATACTCAATTATACCGTCTCCAATTCATATCCAAATTTATCAAAAAATGGACCTCACCTTCTCAACCACACTCATCTTCTGCATACTTGTCCCTTTATCTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008893
ATGCAAAGAAGATTCATAAAAAGATCACATGATTTAAAAACCTTATACTGGTTGACAAGAAATCTCCCTGACCCAAACCACAAATTTATCTCCTTTAGAGTTCACACACGACAAAAAAACCTTCATAAATACTCAATTATACCGTCTCCAATTCATATCCAAATTTATCAAAAAATGGACCTCACCTTCTCAACCACACTCATCTTCTGCATACTTGTCCCTTTATCTCTCTTCTTCATCTTCACCAGATCCGAAACCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791978.1
MQRRFIKRSHDLKTLYWLTRNLPDPNHKFISFRVHTRQKNLHKYSIIPSPIHIQIYQKMDLTFSTTLIFCILVPLSLFFIFTRSETTSKTSTKLPKSYPILGSFLTIVKNKDRFVQWSSEIVTSTPNLTFPLHRNLGRWIIFTANPANVQHLLKENFHNYEKGEFFKTTLRDFLGNGIFNSDGQTWKFQRQVASHEFNTKSLRKFVETVVDSELSQRLIPILRKAAKEETVIDFQDILQRFAFDNVCKIAFGYDPRYLSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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