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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004897

染色体: Chr02 坐标: 70984733-70986063 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004897
名称SmilChr02G004897
描述transcription factor PRE3-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70984733 - 70986063 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008894
GeneID131008894
locus_tag-
NCBI NameLOC131008894
原始查询LOC131008894

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor PRE3-like
产物transcription factor PRE3-like
ArabidopsisAT3G47710 (BNQ3)
BANQUO 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823925]
identity=71.7; qcov=1.01; evalue=3.74e-40; confidence=medium
RiceOs10g0404300 (ILI7)
-
identity=68.8; qcov=0.846; evalue=2.05e-30; confidence=medium
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0040008 (regulation of growth); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF00010 (HLH); PF23174 (bHLH_ILI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008894

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791979.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057791979.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791979.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791979.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791979.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791979.1
91 aa
N
1
46
91
bHLH_ILI
HLH
C
PF23174 bHLH_ILI 17-89 aa PF00010 HLH 19-60 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791979.1 Pfam PF23174 bHLH_ILI Domain 17 89 1.8e-33 115.4 ILI bHLH domain
XP_057791979.1 Pfam PF00010 HLH Domain 19 60 2.1e-05 25.0 Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935996.1
GATCTAAATAGCTAGCTAGCTCAACTCATTTACGATCATATTAGTGTACATGATCACTAGCTAGAAGTGGCAGTTTGTTCTTCACTCTCCCCACCCCACCCCCCCACCCCACCCCACCCCCACAAAAACAAAACCCTATTTAAAGGCAAGGCTGTGCATTGCACACTCTCATGCAATTGTCTTGCTCACTCAGACCACAACTGTTTCTTTCTACTCAACTACAAACCTAGTACTGTGTTTTTACTCCACTTTCCTACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008894
ATGTCGAGCCGAAGATCAAGATCAAGGCAATCTGGATCTTCAAGAATCACAGATGATCAAATCAACGAACTCGTTTCCAAGCTGCAACAGCTTCTTCCCGAGATGCATAATAGGCGCTCAGACAAGAAGTCAGCAACCAAAGTGTTGCAGGAGACATGCAACTACATTAGAAGCTTGCACAGAGAAGTTGATGACTTGAGTGAGAGGCTGTCTGAATTGCTTGAAAACGCCGACACTACTCAAGCTGCTCTTATTAGAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791979.1
MSSRRSRSRQSGSSRITDDQINELVSKLQQLLPEMHNRRSDKKSATKVLQETCNYIRSLHREVDDLSERLSELLENADTTQAALIRSLLMQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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