Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004981

染色体: Chr02 坐标: 71695648-71700824 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004981
名称SmilChr02G004981
描述FACT complex subunit SPT16-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71695648 - 71700824 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008909
GeneID131008909
locus_tag-
NCBI NameLOC131008909
原始查询LOC131008909

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述FACT complex subunit SPT16-like
产物FACT complex subunit SPT16-like
ArabidopsisAT4G10710 (SPT16)
global transcription factor C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826665]
identity=69; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0321600 (Osspt16)
-
identity=68.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006368 (transcription elongation by RNA polymerase II); GO:0031491 (nucleosome binding); GO:0032968 (positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II); GO:0035101 (FACT complex)
KEGG-
PfamPF00557 (Peptidase_M24); PF08512 (Rttp106-like_middle); PF08644 (SPT16); PF14826 (FACT-Spt16_Nlob); PF21091 (SPT16_C); PF24824 (PH_SPT16)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008909

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792003.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057792003.1
3 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057792003.1
4 Chromatin 染色质 0.60000 XP_057792003.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792003.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71697511 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B7,C42,C48
Chr2:71697513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:71697550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr2:71697639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr2:71697645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B44
Chr2:71697675 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:71697820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr2:71697885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr2:71697893 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:71697944 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:71698050 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 18 A8,B128,B133,B138,B21,B26,B47,B53,B71,B84,B87,C1,C11,C45,C69,C72,C74,C81
Chr2:71698053 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 18 A8,B128,B133,B138,B21,B26,B47,B53,B71,B84,B87,B93,C1,C11,C69,C72,C74,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792003.1
1062 aa
N
1
531
1062
FACT-Spt16_Nlob
Peptidase_M24
SPT16
PH_SPT16
Rttp106-like_middle
SPT16_C
C
PF14826 FACT-Spt16_Nlob 22-188 aa PF00557 Peptidase_M24 203-435 aa PF08644 SPT16 553-666 aa PF24824 PH_SPT16 676-807 aa PF08512 Rttp106-like_middle 833-920 aa PF21091 SPT16_C 959-1040 aa
XP_057792004.1
1062 aa
N
1
531
1062
FACT-Spt16_Nlob
Peptidase_M24
SPT16
PH_SPT16
Rttp106-like_middle
SPT16_C
C
PF14826 FACT-Spt16_Nlob 22-188 aa PF00557 Peptidase_M24 203-435 aa PF08644 SPT16 553-666 aa PF24824 PH_SPT16 676-807 aa PF08512 Rttp106-like_middle 833-920 aa PF21091 SPT16_C 959-1040 aa
XP_057792005.1
1062 aa
N
1
531
1062
FACT-Spt16_Nlob
Peptidase_M24
SPT16
PH_SPT16
Rttp106-like_middle
SPT16_C
C
PF14826 FACT-Spt16_Nlob 22-188 aa PF00557 Peptidase_M24 203-435 aa PF08644 SPT16 553-666 aa PF24824 PH_SPT16 676-807 aa PF08512 Rttp106-like_middle 833-920 aa PF21091 SPT16_C 959-1040 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792003.1 Pfam PF14826 FACT-Spt16_Nlob Domain 22 188 3.6e-47 160.8 FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain
XP_057792003.1 Pfam PF00557 Peptidase_M24 Domain 203 435 5.9e-32 111.8 Metallopeptidase family M24
XP_057792003.1 Pfam PF08644 SPT16 Domain 553 666 2.3e-37 128.5 FACT complex subunit (SPT16/CDC68)
XP_057792003.1 Pfam PF24824 PH_SPT16 Domain 676 807 3.3e-54 183.0 FACT complex subunit SPT16 PH-like domain
XP_057792003.1 Pfam PF08512 Rttp106-like_middle Domain 833 920 2.8e-23 82.8 Histone chaperone Rttp106-like, middle domain
XP_057792003.1 Pfam PF21091 SPT16_C Domain 959 1040 1.4e-17 64.5 FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain
XP_057792004.1 Pfam PF14826 FACT-Spt16_Nlob Domain 22 188 3.6e-47 160.8 FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain
XP_057792004.1 Pfam PF00557 Peptidase_M24 Domain 203 435 5.9e-32 111.8 Metallopeptidase family M24
XP_057792004.1 Pfam PF08644 SPT16 Domain 553 666 2.3e-37 128.5 FACT complex subunit (SPT16/CDC68)
XP_057792004.1 Pfam PF24824 PH_SPT16 Domain 676 807 3.3e-54 183.0 FACT complex subunit SPT16 PH-like domain
XP_057792004.1 Pfam PF08512 Rttp106-like_middle Domain 833 920 2.8e-23 82.8 Histone chaperone Rttp106-like, middle domain
XP_057792004.1 Pfam PF21091 SPT16_C Domain 959 1040 1.4e-17 64.5 FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain
XP_057792005.1 Pfam PF14826 FACT-Spt16_Nlob Domain 22 188 3.6e-47 160.8 FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain
XP_057792005.1 Pfam PF00557 Peptidase_M24 Domain 203 435 5.9e-32 111.8 Metallopeptidase family M24
XP_057792005.1 Pfam PF08644 SPT16 Domain 553 666 2.3e-37 128.5 FACT complex subunit (SPT16/CDC68)
XP_057792005.1 Pfam PF24824 PH_SPT16 Domain 676 807 3.3e-54 183.0 FACT complex subunit SPT16 PH-like domain
XP_057792005.1 Pfam PF08512 Rttp106-like_middle Domain 833 920 2.8e-23 82.8 Histone chaperone Rttp106-like, middle domain
XP_057792005.1 Pfam PF21091 SPT16_C Domain 959 1040 1.4e-17 64.5 FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936020.1
TCGCAAAATATTCAGGCGCGAGATCCAAACAGCCCTAACAGCGAAACGGCATCGTTTTGTGGGCAAAAGCAGAAACGACGTCGTCGCCTCCTATGGCCCCACGGGCTTCTCATCGCAAAACCGAATTACCATATATAACCCTCAGTTTCATTGCCCTTCCGCAAAAATGTCTCAGCAGAATCGGCTTCTCGAGCCTTCCCATAGGGGCTTATTCGTCCAGAGCCAGTGGCAATTCTTGTAATTTCCACCGCCACAGAGGC...
XM_057936021.1
TCGCAAAATATTCAGGCGCGAGATCCAAACAGCCCTAACAGCGAAACGGCATCGTTTTGTGGGCAAAAGCAGAAACGACGTCGTCGCCTCCTATGGCCCCACGGGCTTCTCATCGCAAAACCGAATTACCATATATAACCCTCAGTTTCATTGCCCTTCCGCAAAAATGTCTCAGCAGAATCGGCTTCTCGAGCCTTCCCATAGGGGCTTATTCGTCCAGAGCCAGTGGCAATTCTTGTAATTTCCACCGCCACAGAGGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131008909
ATGCCTGAAGAACGAAATGGCCTGACTGCAAATGCCAACATGTCAGCTGGCAATAAATATACAATTGACTTGCCTACGTTCAGTAGGCGGTTGCAAGCTCTTTACAAGCACTGGCAACAGCACAAAGATGAGCTTTGGGGTTCTGCCGATGTCCTTGTTGTTGCCACACCGCCTCCTTCAGAGGATTTGCGATACCTAAAATCTTCTGCTCTTAACATCTGGTTACTTGGATATGAGTTTCCAGATACAATTATGGTTTT...
LOC131008909
ATGCCTGAAGAACGAAATGGCCTGACTGCAAATGCCAACATGTCAGCTGGCAATAAATATACAATTGACTTGCCTACGTTCAGTAGGCGGTTGCAAGCTCTTTACAAGCACTGGCAACAGCACAAAGATGAGCTTTGGGGTTCTGCCGATGTCCTTGTTGTTGCCACACCGCCTCCTTCAGAGGATTTGCGATACCTAAAATCTTCTGCTCTTAACATCTGGTTACTTGGATATGAGTTTCCAGATACAATTATGGTTTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057792003.1
MPEERNGLTANANMSAGNKYTIDLPTFSRRLQALYKHWQQHKDELWGSADVLVVATPPPSEDLRYLKSSALNIWLLGYEFPDTIMVFGEKNIHFICSGKKASLLEVVKASAKETVKAEVVVWVKAKNENGSTQIDKVLRAIRSQPKSDDHDTPVVGNIAREDPEGKLLELWSDKLKASGLTLSDISNGLSDLFAAKDKNEITCIKKAAYLTAYVMKNFVLPEVLKVIDEEKKVTHSELMEETEKAISDPLKIGVKLKAEN...
XP_057792004.1
MPEERNGLTANANMSAGNKYTIDLPTFSRRLQALYKHWQQHKDELWGSADVLVVATPPPSEDLRYLKSSALNIWLLGYEFPDTIMVFGEKNIHFICSGKKASLLEVVKASAKETVKAEVVVWVKAKNENGSTQIDKVLRAIRSQPKSDDHDTPVVGNIAREDPEGKLLELWSDKLKASGLTLSDISNGLSDLFAAKDKNEITCIKKAAYLTAYVMKNFVLPEVLKVIDEEKKVTHSELMEETEKAISDPLKIGVKLKAEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器