Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002791`

染色体: Chr01 坐标: 46403662-46404453 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002791`
名称	SmilChr01G002791
描述	uncharacterized SmilChr01G002791
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	46403662 - 46404453 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008911`
GeneID	`131008911`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008911`
原始查询	`LOC131008911`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=29.1; qcov=0.536; evalue=7.33e-10; confidence=low
Rice	`Os10g0351414` - identity=25.4; qcov=1.05; evalue=8.34e-16; confidence=low
GO	GO:0003824 (catalytic activity)
KEGG	-
Pfam	PF03372 (Exo_endo_phos)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008911

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057792009.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057792009.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057792009.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792009.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792009.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:46403670`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B107,B19,B33,B5
`Chr1:46403670`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B107,B19,B33,B5
`Chr1:46403698`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B19,B33,B5
`Chr1:46403720`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,D11
`Chr1:46403737`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B16
`Chr1:46403737`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B16
`Chr1:46403748`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B107,B19,B33,B5
`Chr1:46403748`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B107,B19,B33,B5
`Chr1:46403752`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B107,B19,B33,B5
`Chr1:46403752`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B107,B19,B33,B5
`Chr1:46403796`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B49,B51,C49
`Chr1:46403814`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792009.1

263 aa

132

263

Exo_endo_phos

PF03372 Exo_endo_phos 4-227 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792009.1`	Pfam	`PF03372`	Exo_endo_phos	Domain	4	227	1.1e-12	48.9	Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936026.1
ATGAAGATGGTTTCCTACAACATTAGAGGGCTGGGGAGCAAGATCAAGAAGAGAGAGTTACGGGAGCTTTTACAAAAACAGAAGATTGATTTTTGTTTTATACAAGAAACTAAGATGGAGAACTTCAGCAATTGTGATCTTAAAGGGATCTGGGGGTCAGATTGTTTTGACTTTGCGAGGCGGCAAGCAGAAGGGAGATCAGGGGGTATTCTCTCTATTTGGAACCCAGCGCTGTTCTCCAAATCCAGCCATTGGGACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008911
ATGAAGATGGTTTCCTACAACATTAGAGGGCTGGGGAGCAAGATCAAGAAGAGAGAGTTACGGGAGCTTTTACAAAAACAGAAGATTGATTTTTGTTTTATACAAGAAACTAAGATGGAGAACTTCAGCAATTGTGATCTTAAAGGGATCTGGGGGTCAGATTGTTTTGACTTTGCGAGGCGGCAAGCAGAAGGGAGATCAGGGGGTATTCTCTCTATTTGGAACCCAGCGCTGTTCTCCAAATCCAGCCATTGGGACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792009.1
MKMVSYNIRGLGSKIKKRELRELLQKQKIDFCFIQETKMENFSNCDLKGIWGSDCFDFARRQAEGRSGGILSIWNPALFSKSSHWDLPGALIVNGKWISENLNGCLINIYAPQCFNARETLWDSLGVVVRQNRDSSICIAGDFNSIRYESERVGRGTQFSTRDLNAFDNFIRANDLTEIRLQGRSFTWYQPNGQCKTKLDRFLVNEKWLDQWPHSKVRGLQRTISDHCPILLETKAVDWGPKPFRFINAWTSHKDFEKVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器