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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004927

染色体: Chr02 坐标: 71287833-71291720 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004927
名称SmilChr02G004927
描述SPX domain-containing membrane protein At4g22990-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71287833 - 71291720 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008921
GeneID131008921
locus_tag-
NCBI NameLOC131008921
原始查询LOC131008921

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SPX domain-containing membrane protein At4g22990-like
产物SPX domain-containing membrane protein At4g22990-like
ArabidopsisAT4G22990 (AT4G22990)
Major Facilitator Superfamily with SPX (SYG1/Pho81/XPR1) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828398]
identity=67; qcov=0.956; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0573000 (OsSPX-MFS1)
-
identity=65; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF03105 (SPX); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008921

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057792022.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057792024.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057792022.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057792022.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057792024.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71288904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr2:71288987 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 24 A19,B119,B120,B13,B137,B14,B25,B29,B50,B64,B68,B74,B77,B78,B87,B98,C15,C37,C39,C52,C57,C75,C87,D3
Chr2:71289113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr2:71289277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B67,C5,C7
Chr2:71289307 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B84,D11
Chr2:71289808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr2:71290059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B108,C1,C23
Chr2:71290060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr2:71290233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr2:71290281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr2:71290579 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B58
Chr2:71290579 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792022.1
720 aa
N
1
360
720
SPX
MFS_1
Sugar_tr
C
PF03105 SPX 109-146 aa PF07690 MFS_1 271-663 aa PF00083 Sugar_tr 277-421 aa
XP_057792023.1
720 aa
N
1
360
720
SPX
MFS_1
Sugar_tr
C
PF03105 SPX 109-146 aa PF07690 MFS_1 271-663 aa PF00083 Sugar_tr 277-421 aa
XP_057792024.1
697 aa
N
1
348
697
SPX
MFS_1
Sugar_tr
C
PF03105 SPX 86-123 aa PF07690 MFS_1 248-639 aa PF00083 Sugar_tr 254-398 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792022.1 Pfam PF03105 SPX Domain 109 146 8.7e-13 49.7 SPX domain
XP_057792022.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 271 663 5.9e-23 82.1 Major Facilitator Superfamily
XP_057792022.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 277 421 1.9e-08 34.3 Sugar (and other) transporter
XP_057792023.1 Pfam PF03105 SPX Domain 109 146 8.7e-13 49.7 SPX domain
XP_057792023.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 271 663 5.9e-23 82.1 Major Facilitator Superfamily
XP_057792023.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 277 421 1.9e-08 34.3 Sugar (and other) transporter
XP_057792024.1 Pfam PF03105 SPX Domain 86 123 4.3e-08 34.3 SPX domain
XP_057792024.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 248 639 5.3e-23 82.2 Major Facilitator Superfamily
XP_057792024.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 254 398 1.8e-08 34.5 Sugar (and other) transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936039.1
ATGATAAATATATAATCATACTTTTTGATTGGACATGATTGTTTATAAAAGAAAGATCACTATTTGAATTTGTCGGGTATTTAGCAGGATAGAAACATGTGGCGACGCCATTGATGATCTGCAGTTGCGGAAACCGAGCCGCATGGTCATTGGATACCGTCTTGACTCACAGTCACACACTGTGTTTTATCCTCTGAGTAACAAATAATTTTCTGGGACCCAACGCCATTGAAGTTTGATTCTGCTGCAGACTCTCGCCT...
XM_057936040.1
TTTTTGGGTTTTCTTCATTTCATGCAAATGCAGAATCTTCAATTGCGGGAACAATCTATGGCATGATATTTAACACGTGCCTAAAAAGATTTCATCCTTGCTATTGAGCTCAGCTGATGAGGAAATAGATATATATATTCTCTAATTTAGAATCATGAAAAATCAAGATTGCATTTTTATTTTTTTGGCATGTGTTCGTGGCTTTATCTGTGATGATGTGCGATAAGGGCTTCTCTTCTGAATTTCCCAAATTTCTAAGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131008921
ATGGTTGCATTCGGCAAAAAATTGAAACAGTTACAAATTCATGAGTGGCAGAGCTTCTACATTAACTACAAGTTAATGAAGAAGAAAGTGAAGCAATATGCTCAGCAAATTGAATTTTCAGAACAGAATCGCGAGTATGTCCTCAAGGATTTCTCGAGAGTTCTTGATAACCAGATTGAAAAGACCGTCCTGTTTTTACTTGAACAAGAAGGGCATCTGGCGAGTAAGCTATCCGTTCTCGGGGAGCAGCACGATGCCCT...
LOC131008921
ATGGTTGCATTCGGCAAAAAATTGAAACAGTTACAAATTCATGAGTGGCAGAGCTTCTACATTAACTACAAGTTAATGAAGAAGAAAGTGAAGCAATATGCTCAGCAAATTGAATTTTCAGAACAGAATCGCGAGTATGTCCTCAAGGATTTCTCGAGAGTTCTTGATAACCAGATTGAAAAGACCGTCCTGTTTTTACTTGAACAAGAAGGGCATCTGGCGAGTAAGCTATCCGTTCTCGGGGAGCAGCACGATGCCCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057792022.1
MVAFGKKLKQLQIHEWQSFYINYKLMKKKVKQYAQQIEFSEQNREYVLKDFSRVLDNQIEKTVLFLLEQEGHLASKLSVLGEQHDALVQHNDAAMIPQLQESYRAVGKELLQLLHFVELNAIGLRKILKKFDKRFGYKFTNHYVKTRANHPYSQLKQVLKHVGISAVVGALSRHLADLQDHRGRSCTSIYDQPALSPPDPVIESIKAAVDRLSNSTDFLQYIGKHALIPEEELPTAADNDDVDVDVDVDVDVDVDVDGRY...
XP_057792023.1
MVAFGKKLKQLQIHEWQSFYINYKLMKKKVKQYAQQIEFSEQNREYVLKDFSRVLDNQIEKTVLFLLEQEGHLASKLSVLGEQHDALVQHNDAAMIPQLQESYRAVGKELLQLLHFVELNAIGLRKILKKFDKRFGYKFTNHYVKTRANHPYSQLKQVLKHVGISAVVGALSRHLADLQDHRGRSCTSIYDQPALSPPDPVIESIKAAVDRLSNSTDFLQYIGKHALIPEEELPTAADNDDVDVDVDVDVDVDVDVDGRY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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