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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004913

染色体: Chr02 坐标: 71123696-71125947 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004913
名称SmilChr02G004913
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74630
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71123696 - 71125947 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008927
GeneID131008927
locus_tag-
NCBI NameLOC131008927
原始查询LOC131008927

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74630
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74630
ArabidopsisAT1G74630 (AT1G74630)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843802]
identity=57.8; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0241800
-
identity=40; qcov=0.912; evalue=8.6e-139; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008927

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792030.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792030.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792030.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792030.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792030.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71123935 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr2:71123951 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 92 A15,A19,A2,A20,A22,A24,A4,A6,A7,A8,A9,B100,B101,B102,B104,B106,B110,B113,B118,B120,B124,B131,B133,B135,B136,B14,B140,B19,B2,B20,B23,B24,B27,B31,B32,B33,B36,B37,B40,B42,B43,B44,B46,B52,B6,B65,B66,B68,B69,B71,B74,B77,B80,B81,B84,B9,B93,B94,B95,C12,C14,C19,C2,C25,C3,C30,C32,C33,C35,C36,C4,C40,C49,C5,C54,C58,C6,C60,C62,C64,C66,C67,C68,C72,C74,C75,C77,C87,C9,D10,D5,D7
Chr2:71123956 C CGT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B35
Chr2:71123956 C CGT 2bp_insertion CDS_variant 1 B35
Chr2:71123962 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 74 A15,A19,A2,A20,A22,A24,A4,A6,A7,A9,B101,B102,B104,B106,B11,B110,B113,B118,B120,B124,B131,B133,B135,B136,B14,B140,B19,B2,B20,B23,B24,B27,B32,B33,B36,B37,B40,B65,B66,B68,B71,B74,B77,B81,B84,B9,B93,B94,C12,C2,C25,C3,C30,C32,C33,C36,C40,C49,C54,C58,C6,C60,C62,C64,C66,C67,C68,C72,C74,C77,C87,C9,D10,D4
Chr2:71123981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr2:71124022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C49
Chr2:71124024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:71124038 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C63
Chr2:71124038 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 C63
Chr2:71124052 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 5 B19,B27,B46,B9,C54
Chr2:71124052 CA C 1bp_deletion CDS_variant 5 B19,B27,B46,B9,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792030.1
645 aa
N
1
322
645
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 72-99 aa PF01535 PPR 146-168 aa PF13812 PPR_3 171-202 aa PF01535 PPR 174-200 aa PF01535 PPR 206-231 aa PF01535 PPR 236-263 aa PF01535 PPR 309-334 aa PF13041 PPR_2 336-384 aa PF01535 PPR 338-368 aa PF13812 PPR_3 359-418 aa PF01535 PPR 375-399 aa PF01535 PPR 410-434 aa PF20431 E_motif 453-515 aa PF14432 DYW_deaminase 552-645 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792030.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 72 99 4.1e-56 184.1 PPR repeat
XP_057792030.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 146 168 4.1e-56 184.1 PPR repeat
XP_057792030.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 171 202 1.3e-19 70.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792030.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 174 200 4.1e-56 184.1 PPR repeat
XP_057792030.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 206 231 4.1e-56 184.1 PPR repeat
XP_057792030.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 236 263 4.1e-56 184.1 PPR repeat
XP_057792030.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 309 334 4.1e-56 184.1 PPR repeat
XP_057792030.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 336 384 3.6e-49 165.4 PPR repeat family
XP_057792030.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 338 368 4.1e-56 184.1 PPR repeat
XP_057792030.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 359 418 1.3e-19 70.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792030.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 375 399 4.1e-56 184.1 PPR repeat
XP_057792030.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 410 434 4.1e-56 184.1 PPR repeat
XP_057792030.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 453 515 1.1e-15 58.3 E motif
XP_057792030.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 552 645 4.4e-36 123.3 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936047.1
AAGAATATTTTTCACATGCAACTTAAGGAATAAAATATTTTAAATTTTCACAATAAAATAAATATCCTCAAATAACACTTTAATTTAGAAAACAAAAAGGAATTTAGCAAAACAAACCATCAAATTTGAAACCAATTTTTGAGGGTGCCCCAAAATGAACGCAGTGTTCCGAATATCAAACAGTTGAAACGGCAACGATTTGCATGTCATGCAATGAACAACAGCGCACACCAATTCTGCTTCTCGCTCTTGAGCAGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008927
ATGAACAACAGCGCACACCAATTCTGCTTCTCGCTCTTGAGCAGCTGCAAAACCCTGAGATCCCTCCAACAATTACAAGCCCACGCCACCAAATCCGCCCTCGACGCCGACCCACTCATCGCCGGAAAGCTCCTCCTCCACTGCGCCGTCCACGTCTCCAACGCCCACGACTACGCCCAACGCCTCCTGCTCCACGCCCCAAATCCCGACGCCTTCATGTACAACGCCGTCATCCGCGGCTTCTCCGATTCGGACTCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792030.1
MNNSAHQFCFSLLSSCKTLRSLQQLQAHATKSALDADPLIAGKLLLHCAVHVSNAHDYAQRLLLHAPNPDAFMYNAVIRGFSDSDSPHSSISTFSLMLKNLGSQIDSFTLAFSLKSAANIRCPRTGTQLHCQALLRGLDTHIFVGTTLISMYAECGRVESACNMFDEIPDPNIVTWNALLTAFFRRGDVGGAERVFASMPAKSPTSYNLMLGGYAKLGEFVLAGKVFDEMPVRDEVSWSMMILGLAQHGWFEEAFGYFRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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