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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005029

染色体: Chr02 坐标: 72024863-72028030 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005029
名称SmilChr02G005029
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向72024863 - 72028030 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008929
GeneID131008929
locus_tag-
NCBI NameLOC131008929
原始查询LOC131008929

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750-like
ArabidopsisAT4G02750 (AT4G02750)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828187]
identity=52.9; qcov=0.925; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0327200 (P0706E03.7)
-
identity=47.2; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008929

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057792032.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057792032.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792032.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792032.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792032.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:72025247 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr2:72025269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr2:72025292 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 9 B1,B108,B2,B48,B70,C23,C82,C84,D5
Chr2:72025334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,A15,C49
Chr2:72025488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B124,B93,C37,C82
Chr2:72025551 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr2:72025648 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C75
Chr2:72025665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B104,B8,B83
Chr2:72025680 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B10,B104,B61,B8,C1,C72
Chr2:72025713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B121,B55,C10,C23
Chr2:72025773 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B140
Chr2:72025773 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792032.1
640 aa
N
1
320
640
PPR_1
PPR
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR_1
PPR
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_1
PPR
E_motif
C
PF12854 PPR_1 82-109 aa PF01535 PPR 85-112 aa PF01535 PPR 115-143 aa PF13041 PPR_2 143-176 aa PF12854 PPR_1 144-171 aa PF13812 PPR_3 144-176 aa PF01535 PPR 146-176 aa PF13041 PPR_2 174-207 aa PF12854 PPR_1 175-202 aa PF01535 PPR 177-206 aa PF12854 PPR_1 206-233 aa PF01535 PPR 208-238 aa PF01535 PPR 239-268 aa PF13041 PPR_2 267-300 aa PF12854 PPR_1 268-295 aa PF01535 PPR 270-299 aa PF01535 PPR 301-331 aa PF01535 PPR 332-360 aa PF01535 PPR 363-387 aa PF01535 PPR 436-461 aa PF13041 PPR_2 461-509 aa PF13812 PPR_3 462-501 aa PF01535 PPR 464-491 aa PF12854 PPR_1 529-560 aa PF01535 PPR 536-560 aa PF20431 E_motif 579-640 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792032.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 82 109 5.3e-95 311.5 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 85 112 4.6e-117 375.1 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 115 143 4.6e-117 375.1 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 143 176 4.7e-109 357.1 PPR repeat family
XP_057792032.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 144 171 5.3e-95 311.5 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 144 176 2.2e-42 143.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 146 176 4.6e-117 375.1 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 174 207 4.7e-109 357.1 PPR repeat family
XP_057792032.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 175 202 5.3e-95 311.5 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 177 206 4.6e-117 375.1 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 206 233 5.3e-95 311.5 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 208 238 4.6e-117 375.1 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 239 268 4.6e-117 375.1 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 267 300 4.7e-109 357.1 PPR repeat family
XP_057792032.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 268 295 5.3e-95 311.5 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 270 299 4.6e-117 375.1 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 301 331 4.6e-117 375.1 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 332 360 4.6e-117 375.1 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 363 387 4.6e-117 375.1 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 436 461 4.6e-117 375.1 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 461 509 4.7e-109 357.1 PPR repeat family
XP_057792032.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 462 501 2.2e-42 143.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 464 491 4.6e-117 375.1 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 529 560 5.3e-95 311.5 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 536 560 4.6e-117 375.1 PPR repeat
XP_057792032.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 579 640 8.2e-17 61.9 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936049.1
TTACATTAATTTTTGGATATTTCTGCATCAAATGGCGCCGCCGCTCATCTTCTTCTTTCCTCCCAAAATCTATACTTCAATTTTGCAAAAATCAGCCTCCATCCCAGCGGAGGGAACAGTGCCTGATTCCTAAATCTCCATCATCGCCTTGTCGCTGCTGCTCCGATCGCAGTCTTCAGCTCAGGGTCTTTCTCATTCCATGCATTTCAGACATCTCCACACCACCATCTTGCGTTCGTCGCGAAACGGAACAGGAGCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008929
ATGCATTTCAGACATCTCCACACCACCATCTTGCGTTCGTCGCGAAACGGAACAGGAGCTAATGGGCGTTATCAAAATACCAGCCACCTCCTCGAACCACCCGCCAATAAGCTGCCGGCGAGGCCTAGAAGCAACAATTTCACTGACGCTGACATGGTGAAATGCACATTAGCTATCAGAAACCACATGCGTAATAGCCAATGTGATGCTGCGTTGCGTTTATTCAACTCCATGCCTCGTAAAAATGAGTTCGCCTACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792032.1
MHFRHLHTTILRSSRNGTGANGRYQNTSHLLEPPANKLPARPRSNNFTDADMVKCTLAIRNHMRNSQCDAALRLFNSMPRKNEFAYNAMISGYFSNGEFKLAQQMFDKMPTKDLVTRNIMIKGNIKNNNLGAARRLFDDMPVKDVVSWTTILSGYMQNGLMDEAKKVFDEMPEKNIVSWNAILSGYLQNGLLDEAKRVFDEMPAKNVVSWTAILSGYIQNGLMDEAKRVFDKMPVKNIVSWNVILFGYLQNGLLDEAKRV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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