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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004921

染色体: Chr02 坐标: 71239329-71241467 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004921
名称SmilChr02G004921
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g47530
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71239329 - 71241467 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008940
GeneID131008940
locus_tag-
NCBI NameLOC131008940
原始查询LOC131008940

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g47530
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g47530
ArabidopsisAT3G47530 (AT3G47530)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823907]
identity=58.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0434000
-
identity=57.2; qcov=0.836; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008940

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792045.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057792045.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792045.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792045.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792045.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71239605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr2:71239783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr2:71239835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:71239964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B20,C31,C54
Chr2:71240030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B12,B75,C49
Chr2:71240038 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B25,B36,B80,B81,C46
Chr2:71240196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B35
Chr2:71240224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B29,B41,C81,C82
Chr2:71240323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr2:71240394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B12,B75,C49
Chr2:71240427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B29,B41,C81,C82
Chr2:71240919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792045.1
573 aa
N
1
286
573
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_1
PPR
E_motif
PPR_3
PPR
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 140-166 aa PF12854 PPR_1 163-194 aa PF13041 PPR_2 165-213 aa PF01535 PPR 168-196 aa PF01535 PPR 240-267 aa PF13041 PPR_2 268-316 aa PF13812 PPR_3 269-315 aa PF01535 PPR 271-301 aa PF01535 PPR 307-333 aa PF12854 PPR_1 336-368 aa PF01535 PPR 343-368 aa PF20431 E_motif 386-448 aa PF13812 PPR_3 409-439 aa PF01535 PPR 412-438 aa PF20430 Eplus_motif 453-479 aa PF14432 DYW_deaminase 498-573 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792045.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 140 166 1.9e-48 160.0 PPR repeat
XP_057792045.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 163 194 1.1e-31 108.9 PPR repeat
XP_057792045.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 165 213 7e-50 167.6 PPR repeat family
XP_057792045.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 168 196 1.9e-48 160.0 PPR repeat
XP_057792045.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 240 267 1.9e-48 160.0 PPR repeat
XP_057792045.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 268 316 7e-50 167.6 PPR repeat family
XP_057792045.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 269 315 7.9e-20 71.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792045.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 271 301 1.9e-48 160.0 PPR repeat
XP_057792045.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 307 333 1.9e-48 160.0 PPR repeat
XP_057792045.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 336 368 1.1e-31 108.9 PPR repeat
XP_057792045.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 343 368 1.9e-48 160.0 PPR repeat
XP_057792045.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 386 448 3.5e-14 53.5 E motif
XP_057792045.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 409 439 7.9e-20 71.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792045.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 412 438 1.9e-48 160.0 PPR repeat
XP_057792045.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 453 479 1.7e-05 25.2 E+ motif
XP_057792045.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 498 573 1.7e-32 111.8 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936062.1
AGAGGGACTGGTTACACATGGTGTTTCGAAGCGCCCAATATTGCAGCATCGCTGTGAAAATTTGGCCGGAACTCCTACGACGAACGCATTTCGCCGAGAAATGAGGATCATTTCTCTCATAAAATCATGCAAACACAAATCACATCTGCTCCAGCTCCACTCCCTTCTTCTCCGCTCCTCCCATTTCTACAATCCCACCGTCTTCCTCGCTTTCCTCTCCCGCCTCGCTCTGCCGCCGCTGCGCGAATTGTCCTACTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008940
ATGAGGATCATTTCTCTCATAAAATCATGCAAACACAAATCACATCTGCTCCAGCTCCACTCCCTTCTTCTCCGCTCCTCCCATTTCTACAATCCCACCGTCTTCCTCGCTTTCCTCTCCCGCCTCGCTCTGCCGCCGCTGCGCGAATTGTCCTACTCCCGCAGAGTCTTCTCCGACTTCCCGGAGCCCAATGTCTCCCTCTACACCACCATGATCAGGGCTCATTCCTTCAGCCGCGATTCAGCGCGCAGAGGTTTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792045.1
MRIISLIKSCKHKSHLLQLHSLLLRSSHFYNPTVFLAFLSRLALPPLRELSYSRRVFSDFPEPNVSLYTTMIRAHSFSRDSARRGFQFYHELLRSGNSSNALSATAAVKCCTNTESLSGGMQVHARIWKDGCLSDSLLSTTLMDFYSCLEKGGDACNVFDEMLDRDVVAWNVLISCYTRNGRTRDALALFDQMRSSSACRPDDVTCLLVLQACGSLNSLEWGEKVHSYILEHGLIDARSVCNSLIAMYSRCGCVEKAYDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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