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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002814

染色体: Chr01 坐标: 46696603-46697667 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002814
名称SmilChr01G002814
描述uncharacterized SmilChr01G002814
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向46696603 - 46697667 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008942
GeneID131008942
locus_tag-
NCBI NameLOC131008942
原始查询LOC131008942

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G66235 (AT1G66235)
no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]
identity=27.6; qcov=0.739; evalue=5.37e-10; confidence=low
RiceOs06g0521000
-
identity=33.3; qcov=0.745; evalue=6.85e-18; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008942

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792056.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792056.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792056.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792056.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057792056.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:46696618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C62,D7
Chr1:46696642 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C16
Chr1:46696670 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C69
Chr1:46696671 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr1:46696682 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A13,B107,B67,B86
Chr1:46696682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B107,B67,B86
Chr1:46696696 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B54,B74
Chr1:46696697 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:46696698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:46696719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr1:46696720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr1:46696770 GGT G 2bp_deletion frameshift_variant 8 A21,A4,B111,B51,B55,B57,B58,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936073.1
ATGGTGCTAATTTGCCGTTTGTATTGCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGTCGACCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCTCCCTCTGCGCCGAGTACAACGCTAAAAGGCCCGAAGGATCTATTTCACGCGACGTCACGCAAATCAAATCTCACTTTCAACGGGTGTCGAAGGATGCGAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAAATGCCACGATCAATGGAAATCAGGCATGAGTGATATTCAAATCCTGGAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008942
ATGGTGCTAATTTGCCGTTTGTATTGCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGTCGACCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCTCCCTCTGCGCCGAGTACAACGCTAAAAGGCCCGAAGGATCTATTTCACGCGACGTCACGCAAATCAAATCTCACTTTCAACGGGTGTCGAAGGATGCGAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAAATGCCACGATCAATGGAAATCAGGCATGAGTGATATTCAAATCCTGGAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792056.1
MVLICRLYCEHTHDSVVGVDQKGAKFWGSLCAEYNAKRPEGSISRDVTQIKSHFQRVSKDAKRFEAMHKKCHDQWKSGMSDIQILEQAEAMWLAEYRVPFRYSHAWKILRESKKFSSLGGDVHSDVHSDKRSKGSDAASLYKYIFISVEKVVNGDAY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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