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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004959

染色体: Chr02 坐标: 71526716-71534791 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004959
名称SmilChr02G004959
描述regulator of nonsense transcripts UPF3
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71526716 - 71534791 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008943
GeneID131008943
locus_tag-
NCBI NameLOC131008943
原始查询LOC131008943

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述regulator of nonsense transcripts UPF3
产物regulator of nonsense transcripts UPF3
ArabidopsisAT1G33980 (UPF3)
Smg-4/UPF3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840295]
identity=46.2; qcov=1.01; evalue=1.29e-122; confidence=high
RiceOs04g0440100 (UPF3)
-
identity=46.4; qcov=1.03; evalue=7.01e-129; confidence=high
GOGO:0000184 (nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay); GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005730 (nucleolus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0045727 (positive regulation of translation)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03467 (Smg4_UPF3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008943

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792053.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057792053.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792053.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792053.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792053.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71528760 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 A10
Chr2:71528760 TAA T 2bp_deletion CDS_variant 1 A10
Chr2:71529152 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C51,D4
Chr2:71529288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:71529506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:71530419 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:71531887 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,D4
Chr2:71531890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:71532104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr2:71532108 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:71532173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B113,B32
Chr2:71532380 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792053.1
554 aa
N
1
277
554
Smg4_UPF3
C
PF03467 Smg4_UPF3 7-168 aa
XP_057792054.1
553 aa
N
1
276
553
Smg4_UPF3
C
PF03467 Smg4_UPF3 7-168 aa
XP_057792055.1
550 aa
N
1
275
550
Smg4_UPF3
C
PF03467 Smg4_UPF3 7-168 aa
XP_057792057.1
549 aa
N
1
274
549
Smg4_UPF3
C
PF03467 Smg4_UPF3 7-168 aa
XP_057792058.1
523 aa
N
1
262
523
Smg4_UPF3
C
PF03467 Smg4_UPF3 7-168 aa
XP_057792059.1
523 aa
N
1
262
523
Smg4_UPF3
C
PF03467 Smg4_UPF3 7-168 aa
XP_057792060.1
522 aa
N
1
261
522
Smg4_UPF3
C
PF03467 Smg4_UPF3 7-168 aa
XP_057792061.1
522 aa
N
1
261
522
Smg4_UPF3
C
PF03467 Smg4_UPF3 7-168 aa
XP_057792062.1
519 aa
N
1
260
519
Smg4_UPF3
C
PF03467 Smg4_UPF3 7-168 aa
XP_057792063.1
519 aa
N
1
260
519
Smg4_UPF3
C
PF03467 Smg4_UPF3 7-168 aa
XP_057792064.1
518 aa
N
1
259
518
Smg4_UPF3
C
PF03467 Smg4_UPF3 7-168 aa
XP_057792065.1
518 aa
N
1
259
518
Smg4_UPF3
C
PF03467 Smg4_UPF3 7-168 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792053.1 Pfam PF03467 Smg4_UPF3 Family 7 168 7.6e-52 176.5 Smg-4/UPF3 family
XP_057792054.1 Pfam PF03467 Smg4_UPF3 Family 7 168 7.7e-52 176.5 Smg-4/UPF3 family
XP_057792055.1 Pfam PF03467 Smg4_UPF3 Family 7 168 7.5e-52 176.6 Smg-4/UPF3 family
XP_057792057.1 Pfam PF03467 Smg4_UPF3 Family 7 168 7.5e-52 176.6 Smg-4/UPF3 family
XP_057792058.1 Pfam PF03467 Smg4_UPF3 Family 7 168 6.8e-52 176.7 Smg-4/UPF3 family
XP_057792059.1 Pfam PF03467 Smg4_UPF3 Family 7 168 6.8e-52 176.7 Smg-4/UPF3 family
XP_057792060.1 Pfam PF03467 Smg4_UPF3 Family 7 168 6.8e-52 176.7 Smg-4/UPF3 family
XP_057792061.1 Pfam PF03467 Smg4_UPF3 Family 7 168 6.8e-52 176.7 Smg-4/UPF3 family
XP_057792062.1 Pfam PF03467 Smg4_UPF3 Family 7 168 6.6e-52 176.7 Smg-4/UPF3 family
XP_057792063.1 Pfam PF03467 Smg4_UPF3 Family 7 168 6.6e-52 176.7 Smg-4/UPF3 family
XP_057792064.1 Pfam PF03467 Smg4_UPF3 Family 7 168 6.7e-52 176.7 Smg-4/UPF3 family
XP_057792065.1 Pfam PF03467 Smg4_UPF3 Family 7 168 6.7e-52 176.7 Smg-4/UPF3 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

12 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936076.1
AAAGAAAAAAAGGAAGCGATAAAAGTGATAGAGGCGTAGAATTGAATTGGTAGTATACATACGTACAAATTGTAGAGAGGTAAAGAGGGAAGGAAAAAGTTAAGACATACATACACGCCCAAAATCCTCTTTCGTCACTCCTCTCCCAGGGTTTTGTCGCGCATGAAGGGTCCGCTGGATCGAACGAAGGTGGTGCTGCGGCACTTGCCGCCGACGATTTCTCAGTCAAACCTTGTCGACCATATCGATTCTCGCTTCTC...
XM_057936080.1
AAAGAAAAAAAGGAAGCGATAAAAGTGATAGAGGCGTAGAATTGAATTGGTAGTATACATACGTACAAATTGTAGAGAGGTAAAGAGGGAAGGAAAAAGTTAAGACATACATACACGCCCAAAATCCTCTTTCGTCACTCCTCTCCCAGGGTTTTGTCGCGCATGAAGGGTCCGCTGGATCGAACGAAGGTGGTGCTGCGGCACTTGCCGCCGACGATTTCTCAGTCAAACCTTGTCGACCATATCGATTCTCGCTTCTC...

CDS

12 records

下载 CDS FASTA
LOC131008943
ATGAAGGGTCCGCTGGATCGAACGAAGGTGGTGCTGCGGCACTTGCCGCCGACGATTTCTCAGTCAAACCTTGTCGACCATATCGATTCTCGCTTCTCCGGCCGCTACCATTGGCTTACTTTTCGCCCCGGAAAATCTAGCCCAAAGCATCTAAAATACGGTAGAGCTTACATTGACTTCAACAAGCCAGATGATGTGATTGAGTTTGCTGAGTTTTTTAAGGGCCATGTCTTTGTCAATGAGAAAGGAACACAGTTTCG...
LOC131008943
ATGAAGGGTCCGCTGGATCGAACGAAGGTGGTGCTGCGGCACTTGCCGCCGACGATTTCTCAGTCAAACCTTGTCGACCATATCGATTCTCGCTTCTCCGGCCGCTACCATTGGCTTACTTTTCGCCCCGGAAAATCTAGCCCAAAGCATCTAAAATACGGTAGAGCTTACATTGACTTCAACAAGCCAGATGATGTGATTGAGTTTGCTGAGTTTTTTAAGGGCCATGTCTTTGTCAATGAGAAAGGAACACAGTTTCG...

Protein

12 records

下载 Protein FASTA
XP_057792053.1
MKGPLDRTKVVLRHLPPTISQSNLVDHIDSRFSGRYHWLTFRPGKSSPKHLKYGRAYIDFNKPDDVIEFAEFFKGHVFVNEKGTQFRTIVEYAPSQRVPKQWAKKDGREGTIVKDPEYLEFLEFLAKPVENLPSAEIQLERKEAERAGAPKDAPIVTPLMDFVRQKRAAKGGARRTVLNGKPARRVGGMSSRNPVSGSSKRGSEKRTSTTMYVLRDSSKIMGNKDKSTYSLVRKQDDQQLNDKSINSASISGNEALEGEN...
XP_057792054.1
MKGPLDRTKVVLRHLPPTISQSNLVDHIDSRFSGRYHWLTFRPGKSSPKHLKYGRAYIDFNKPDDVIEFAEFFKGHVFVNEKGTQFRTIVEYAPSQRVPKQWAKKDGREGTIVKDPEYLEFLEFLAKPVENLPSAEIQLERKEAERAGAPKDAPIVTPLMDFVRQKRAAKGGARRTVLNGKPARRVGGMSSRNPVSGSSKRGSEKRTSTTMYVLRDSSKIMGNKDKSTYSLVRKQDDQQLNDKSINSASISGNEALEGEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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