Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000298`

染色体: Chr01 坐标: 5866970-5868094 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000298`
名称	SmilChr01G000298
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	5866970 - 5868094 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008960`
GeneID	`131008960`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008960`
原始查询	`LOC131008960`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=28.4; qcov=0.65; evalue=4.52e-27; confidence=low
Rice	`Os07g0141500` - identity=29.2; qcov=0.676; evalue=3.73e-24; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008960

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792130.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057792130.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792130.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792130.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792130.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:5867182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr1:5867258`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B34,C75
`Chr1:5867325`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B126,B33,B7,C58
`Chr1:5867338`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,C34
`Chr1:5867376`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B105,B13,C34
`Chr1:5867376`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B13,C34
`Chr1:5867381`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr1:5867401`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	A6,B101,B126,B33,B7,C58
`Chr1:5867445`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr1:5867514`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B33,B7,C58
`Chr1:5867567`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr1:5867569`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936147.1
ATGGTTAAAGTTATGGATAAGGTTCCACATCGACTTAAGATCGATTTACAGTTTAAAAAGGATTTTAATCGTCTTGCATGGTCTGAGTTTACTGAGCCTTTGAGTTTTGAACGAAGATGGAATGATTTAATGGAGAAGTATGGTTTGGTTGGTGATAAATGGTTTGATTCTATGTTTGCTCAGCGTAGTTATTGGATTCCTTTATTTTTTAGAGACTGTCATATGAGTGGGTTATTTAAGACAACGTCTATGTCTGAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008960
ATGGTTAAAGTTATGGATAAGGTTCCACATCGACTTAAGATCGATTTACAGTTTAAAAAGGATTTTAATCGTCTTGCATGGTCTGAGTTTACTGAGCCTTTGAGTTTTGAACGAAGATGGAATGATTTAATGGAGAAGTATGGTTTGGTTGGTGATAAATGGTTTGATTCTATGTTTGCTCAGCGTAGTTATTGGATTCCTTTATTTTTTAGAGACTGTCATATGAGTGGGTTATTTAAGACAACGTCTATGTCTGAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792130.1
MVKVMDKVPHRLKIDLQFKKDFNRLAWSEFTEPLSFERRWNDLMEKYGLVGDKWFDSMFAQRSYWIPLFFRDCHMSGLFKTTSMSESQNSFFRRYFNRGANLIEFFIHFERAIEAQRNQCDRLNSVDVSCFPKLVTDLAIERHAATVYTSGMFVEVQKQIVSASFSCCILEIRTGVGENVYVVEDGESGKFSVTYNLADYSCNCDCKHFVRCGWLCSHVFCVLKNVKIQRILDQYILKRWTKGICVGGSTHSGGTDTLSQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器