Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002832`

染色体: Chr01 坐标: 46933583-46934074 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002832`
名称	SmilChr01G002832
描述	uncharacterized SmilChr01G002832
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	46933583 - 46934074 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008961`
GeneID	`131008961`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008961`
原始查询	`LOC131008961`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=29.6; qcov=1.12; evalue=1.08e-12; confidence=low
Rice	`Os06g0597250` - identity=35.4; qcov=1.11; evalue=4.18e-23; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008961

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792094.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792094.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792094.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792094.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057792094.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:46933585`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B32
`Chr1:46933594`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B13,B140,D10
`Chr1:46933610`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B32
`Chr1:46933643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	19	B1,B11,B111,B112,B117,B121,B17,B3,B45,B47,B60,B78,B80,C25,C42,C43,C51,C75,C76
`Chr1:46933646`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr1:46933649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A23,B32
`Chr1:46933649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B32
`Chr1:46933655`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	A6,B28,B6,B69,B75,C39,C64,C66,C80
`Chr1:46933665`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:46933679`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A24,B105,B2,C15
`Chr1:46933679`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B105,B2,C15
`Chr1:46933686`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	16	B11,B111,B112,B121,B124,B17,B3,B45,B47,B60,B66,B80,C4,C42,C75,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792094.1

145 aa

145

DUF8418

PF28509 DUF8418 54-92 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792094.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	54	92	1.3e-18	67.1	Domain of unknown function (DUF8418)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936111.1
ATGGAATGGTTCGATGATACTTCATCCGACGAGGTAGCACAGACGATTATCGATGAGATCCAAGAGCAGAAACAATTGATTGCTCAAATGTACTCCCAATCGGAGATGGAACGTGTTGTTCATCACCGACAATACGTCTACCGTGATCGTGAGGCTGCCCATTTACGTCTTATGCAAGACTACTTCAACGACAATCCGACGTACGGGCCTATATTTTTCCGACGTCGTTTTCGGATGCAGAAGAAGTTGTTCTTGTGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008961
ATGGAATGGTTCGATGATACTTCATCCGACGAGGTAGCACAGACGATTATCGATGAGATCCAAGAGCAGAAACAATTGATTGCTCAAATGTACTCCCAATCGGAGATGGAACGTGTTGTTCATCACCGACAATACGTCTACCGTGATCGTGAGGCTGCCCATTTACGTCTTATGCAAGACTACTTCAACGACAATCCGACGTACGGGCCTATATTTTTCCGACGTCGTTTTCGGATGCAGAAGAAGTTGTTCTTGTGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792094.1
MEWFDDTSSDEVAQTIIDEIQEQKQLIAQMYSQSEMERVVHHRQYVYRDREAAHLRLMQDYFNDNPTYGPIFFRRRFRMQKKLFLCIVDVVQGEDTYFQMSHDAQATGVSADTFDEYLKVVDTTGHLCLKRFCKAVIRAYGVEYL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器