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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004971

染色体: Chr02 坐标: 71598285-71602575 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004971
名称SmilChr02G004971
描述uncharacterized SmilChr02G004971
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71598285 - 71602575 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008973
GeneID131008973
locus_tag-
NCBI NameLOC131008973
原始查询LOC131008973

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837510]; symbol=AT1G09800; hit=AT1G09800; species=arabidopsis; confidence=high
产物Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837510]; symbol=AT1G09800; hit=AT1G09800; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G09800 (AT1G09800)
Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837510]
identity=62.2; qcov=1.01; evalue=2.79e-158; confidence=high
RiceOs12g0194800
-
identity=64.5; qcov=0.913; evalue=2.12e-148; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0009982 (pseudouridine synthase activity); GO:0031119 (tRNA pseudouridine synthesis)
KEGG-
PfamPF01416 (PseudoU_synth_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008973

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792115.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057792115.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792115.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792115.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792115.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71598486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr2:71598528 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr2:71598904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr2:71598996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr2:71599009 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B97,C81
Chr2:71599090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,C22,C44
Chr2:71599313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr2:71600980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,D1
Chr2:71600998 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:71602207 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,B97
Chr2:71602396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B64,C60,D1
Chr2:71602422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,C60,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792115.1
374 aa
N
1
187
374
PseudoU_synth_1
PseudoU_synth_1
C
PF01416 PseudoU_synth_1 56-166 aa PF01416 PseudoU_synth_1 207-369 aa
XP_057792116.1
355 aa
N
1
178
355
PseudoU_synth_1
C
PF01416 PseudoU_synth_1 188-350 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792115.1 Pfam PF01416 PseudoU_synth_1 Domain 56 166 5.4e-37 127.3 tRNA pseudouridine synthase
XP_057792115.1 Pfam PF01416 PseudoU_synth_1 Domain 207 369 5.4e-37 127.3 tRNA pseudouridine synthase
XP_057792116.1 Pfam PF01416 PseudoU_synth_1 Domain 188 350 3.1e-29 102.3 tRNA pseudouridine synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936132.1
TTCGTCTACAGCAAATTCACCCCTATAAATGCGCTAAATGTTGCTTTGATTTGGGCTTTTCCAATCGGCGGCAACACACTCTATTGTCGATTCAAATAAGAGTTACCCTAAAACCTCGATTTTCCGGTTCGTGAAATGAGAGAAGAGCAACCAGCTCATTTTCCCTCTCATCGAAGGCTCGAATCCCTTGAACGTCCCCCTAAACTGGCGAGAATCGACGCTGGAGAATCCTCGGAGGAAGAGAGAGAGTTAGCTGAGAG...
XM_057936133.1
AATGTTGCTTTGATTTGGGCTTTTCCAATCGGCGGCAACACACTCTATTGTCGATTCAAATAAGAGTTACCCTAAAACCTCGATTTTCCGGTTCGTGAAATGAGAGAAGAGCAACCAGCTCATTTTCCCTCTCATCGAAGGCTCGAATCCCTTGAACGTCCCCCTAAACTGGCGAGAATCGACGCTGGAGAATCCTCGGAGGAAGAGAGAGAGTTAGCTGAGAGGAATATGACTCCAAATCCGAGAACTCAAAGATACCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131008973
ATGAGAGAAGAGCAACCAGCTCATTTTCCCTCTCATCGAAGGCTCGAATCCCTTGAACGTCCCCCTAAACTGGCGAGAATCGACGCTGGAGAATCCTCGGAGGAAGAGAGAGAGTTAGCTGAGAGGAATATGACTCCAAATCCGAGAACTCAAAGATACCTAGTAGCAATTGAGTACATCGGAACTAGGTTTTCTGGCGCCCAAAAGCAGTTAAATGGCAGAACCGTTGTGGGCGTTCTTGAGGATGCCGGTGTTCATGC...
LOC131008973
ATGAGAGAAGAGCAACCAGCTCATTTTCCCTCTCATCGAAGGCTCGAATCCCTTGAACGTCCCCCTAAACTGGCGAGAATCGACGCTGGAGAATCCTCGGAGGAAGAGAGAGAGTTAGCTGAGAGGAATATGACTCCAAATCCGAGAACTCAAAGATACCTAGTAGCAATTGAGTACATCGGAACTAGGTTTTCTGGCGCCCAAAAGCAGTTAAATGGCAGAACCGTTGTGGGCGTTCTTGAGGACGCGTTTAAAAAATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057792115.1
MREEQPAHFPSHRRLESLERPPKLARIDAGESSEEERELAERNMTPNPRTQRYLVAIEYIGTRFSGAQKQLNGRTVVGVLEDAFKKFIGQPVSIFCSSRTDAGVHALSNVCHVDVERISKRKPGEVLLPHEPAIVQKAVNHFLQKSEGDIMVVDVKCVPSDFHARYKALERTYFYRLLSGMEPLSTFEKDRAWHVPEDLSILDMQKACRVLVGHHDFSSFRAAACQAKSPIRTLDELTVTEVAASPYFPSVLEREQSNHA...
XP_057792116.1
MREEQPAHFPSHRRLESLERPPKLARIDAGESSEEERELAERNMTPNPRTQRYLVAIEYIGTRFSGAQKQLNGRTVVGVLEDAGVHALSNVCHVDVERISKRKPGEVLLPHEPAIVQKAVNHFLQKSEGDIMVVDVKCVPSDFHARYKALERTYFYRLLSGMEPLSTFEKDRAWHVPEDLSILDMQKACRVLVGHHDFSSFRAAACQAKSPIRTLDELTVTEVAASPYFPSVLEREQSNHALGGSASMSKKLQDDSPSLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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