当前解析结果
SmilChr02G005011| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005011 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005011 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G005011 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 71909318 - 71912747 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008989 |
|---|---|
| GeneID | 131008989 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008989 |
| 原始查询 | LOC131008989 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heme binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825410]; symbol=AT3G62370; hit=AT3G62370; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | heme binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825410]; symbol=AT3G62370; hit=AT3G62370; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G62370 (AT3G62370)heme binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825410] identity=59.2; qcov=1.01; evalue=4.24e-159; confidence=high |
| Rice | Os03g0309000- identity=56.3; qcov=0.961; evalue=1.45e-143; confidence=high |
| GO | GO:0020037 (heme binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF09459 (EB_dh) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008989 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.80000 | XP_057792135.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057792135.1 |
| 3 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.40000 | XP_057792135.1 |
| 4 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.40000 | XP_057792135.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792135.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:71909483 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B67,C18 |
Chr2:71909566 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr2:71909578 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C36 |
Chr2:71909705 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 14 | B134,B136,B17,B35,B4,B40,B52,B91,C2,C23,C46,C64,C66,C72 |
Chr2:71909725 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr2:71909727 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B91,C14 |
Chr2:71911330 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr2:71911811 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D10,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792135.1PF09459
EB_dh 56-293 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792135.1 |
Pfam | PF09459 |
EB_dh | Domain | 56 | 293 | 4.5e-34 | 119.4 | Ethylbenzene dehydrogenase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。