Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005032

染色体: Chr02 坐标: 72038169-72042170 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005032
名称SmilChr02G005032
描述exonuclease DPD1, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向72038169 - 72042170 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008999
GeneID131008999
locus_tag-
NCBI NameLOC131008999
原始查询LOC131008999

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述exonuclease DPD1, chloroplastic/mitochondrial
产物exonuclease DPD1%2C chloroplastic/mitochondrial
ArabidopsisAT5G26940 (DPD1)
Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832752]
identity=41.2; qcov=0.979; evalue=2.16e-71; confidence=medium
RiceOs03g0301400
-
identity=58.3; qcov=0.573; evalue=2.41e-74; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006308 (DNA catabolic process); GO:0008296 (3'-5'-DNA exonuclease activity)
KEGG-
PfamPF00929 (RNase_T); PF03104 (DNA_pol_B_exo1); PF13482 (RNase_H_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008999

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792158.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.80000 XP_057792158.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792158.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792158.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792158.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:72038399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B138,B9
Chr2:72038421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B11,B78,C67
Chr2:72038433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:72038456 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B64,C35
Chr2:72038501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B6
Chr2:72038745 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B131,B2
Chr2:72038745 GT G 1bp_deletion CDS_variant 2 B131,B2
Chr2:72038804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:72038811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B133,B25
Chr2:72039651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B68
Chr2:72039754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792158.1
335 aa
N
1
168
335
DNA_pol_B_exo1
RNase_H_2
RNase_T
C
PF03104 DNA_pol_B_exo1 111-249 aa PF13482 RNase_H_2 148-294 aa PF00929 RNase_T 148-314 aa
XP_057792159.1
335 aa
N
1
168
335
DNA_pol_B_exo1
RNase_H_2
RNase_T
C
PF03104 DNA_pol_B_exo1 111-249 aa PF13482 RNase_H_2 148-294 aa PF00929 RNase_T 148-314 aa
XP_057792160.1
335 aa
N
1
168
335
DNA_pol_B_exo1
RNase_H_2
RNase_T
C
PF03104 DNA_pol_B_exo1 111-249 aa PF13482 RNase_H_2 148-294 aa PF00929 RNase_T 148-314 aa
XP_057792161.1
335 aa
N
1
168
335
DNA_pol_B_exo1
RNase_H_2
RNase_T
C
PF03104 DNA_pol_B_exo1 111-249 aa PF13482 RNase_H_2 148-294 aa PF00929 RNase_T 148-314 aa
XP_057792162.1
335 aa
N
1
168
335
DNA_pol_B_exo1
RNase_H_2
RNase_T
C
PF03104 DNA_pol_B_exo1 111-249 aa PF13482 RNase_H_2 148-294 aa PF00929 RNase_T 148-314 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792158.1 Pfam PF03104 DNA_pol_B_exo1 Family 111 249 1.6e-06 28.4 DNA polymerase family B, exonuclease domain
XP_057792158.1 Pfam PF13482 RNase_H_2 Domain 148 294 3.1e-09 37.7 RNase_H superfamily
XP_057792158.1 Pfam PF00929 RNase_T Domain 148 314 1.1e-23 85.3 Exonuclease
XP_057792159.1 Pfam PF03104 DNA_pol_B_exo1 Family 111 249 1.6e-06 28.4 DNA polymerase family B, exonuclease domain
XP_057792159.1 Pfam PF13482 RNase_H_2 Domain 148 294 3.1e-09 37.7 RNase_H superfamily
XP_057792159.1 Pfam PF00929 RNase_T Domain 148 314 1.1e-23 85.3 Exonuclease
XP_057792160.1 Pfam PF03104 DNA_pol_B_exo1 Family 111 249 1.6e-06 28.4 DNA polymerase family B, exonuclease domain
XP_057792160.1 Pfam PF13482 RNase_H_2 Domain 148 294 3.1e-09 37.7 RNase_H superfamily
XP_057792160.1 Pfam PF00929 RNase_T Domain 148 314 1.1e-23 85.3 Exonuclease
XP_057792161.1 Pfam PF03104 DNA_pol_B_exo1 Family 111 249 1.6e-06 28.4 DNA polymerase family B, exonuclease domain
XP_057792161.1 Pfam PF13482 RNase_H_2 Domain 148 294 3.1e-09 37.7 RNase_H superfamily
XP_057792161.1 Pfam PF00929 RNase_T Domain 148 314 1.1e-23 85.3 Exonuclease
XP_057792162.1 Pfam PF03104 DNA_pol_B_exo1 Family 111 249 1.6e-06 28.4 DNA polymerase family B, exonuclease domain
XP_057792162.1 Pfam PF13482 RNase_H_2 Domain 148 294 3.1e-09 37.7 RNase_H superfamily
XP_057792162.1 Pfam PF00929 RNase_T Domain 148 314 1.1e-23 85.3 Exonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936175.1
AAAAAATAATATCTGAGTGAGAAAGAGAGAGAGCGCTTTTCCTCATTTCAGTTTCGCTTCACCTCTACGGCTCTAATAAGCCTCCATTCATTCCCACGTTCTATTTGATTTCTCCCTCCACACTCAACTCTTTCATCTCTCTATTTATTCATCCAAGCATCTTAAATATTGGATCTTTCAAGGAGATACTTCGCATTTCGACTGATTCCCCTCAGGTCAAAACATTTTACCACTTTGGATCTGGTTTGAATGAAAACAAT...
XM_057936176.1
AAAATAATATCTGAGTGAGAAAGAGAGAGAGCGCTTTTCCTCATTTCAGTTTCGCTTCACCTCTACGGCTCTAATAAGCCTCCATTCATTCCCACGTTCTATTTGATTTCTCCCTCCACACTCAACTCTTTCATCTCTCTATTTATTCATCCAAGCATCTTAAATATTGGATCTTTCAAGGAGATACTTCGCATTTCGACTGATTCCCCTCAGCAGGTCAAAACATTTTACCACTTTGGATCTGGTTTGAATGAAAACAA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131008999
ATGAAAACAATTGCAATGTGCTTCTCTCTCTTGCCATTTCCCCGATGCAGAATTCATTCATTAGCTAATTGTTGGTGGGAGAGTTTGTCTAAATTTCGTAGCAGCAGTGGAAGCAGTTGCAGCTACAAGGTTCTGTGTTCAAACAACTATGAGCTTGAAGGAGGATATAGCAGGAGGTGGACAAGACGGACTATACACTCAAACACCGGAGGAAATAAGGAGAGCCTAACTAGCAATAAGAGTATCAGTCGTAATATCAT...
LOC131008999
ATGAAAACAATTGCAATGTGCTTCTCTCTCTTGCCATTTCCCCGATGCAGAATTCATTCATTAGCTAATTGTTGGTGGGAGAGTTTGTCTAAATTTCGTAGCAGCAGTGGAAGCAGTTGCAGCTACAAGGTTCTGTGTTCAAACAACTATGAGCTTGAAGGAGGATATAGCAGGAGGTGGACAAGACGGACTATACACTCAAACACCGGAGGAAATAAGGAGAGCCTAACTAGCAATAAGAGTATCAGTCGTAATATCAT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057792158.1
MKTIAMCFSLLPFPRCRIHSLANCWWESLSKFRSSSGSSCSYKVLCSNNYELEGGYSRRWTRRTIHSNTGGNKESLTSNKSISRNIIPETSNDSGKLETTKVRRTRKLSIRNNVVSKSSSTEVNTYDERAEVERNQHYADLARLATIICFDIETTGFGKERDRIIEIACQDLRGGENSTLQTLINPERDVPNEQIHGISTNMVNRYDIPRMKDFIPVLLQYVRSRQLPGGVVVLVSHNGTSFDVPFLKREFSRCSYEIPT...
XP_057792159.1
MKTIAMCFSLLPFPRCRIHSLANCWWESLSKFRSSSGSSCSYKVLCSNNYELEGGYSRRWTRRTIHSNTGGNKESLTSNKSISRNIIPETSNDSGKLETTKVRRTRKLSIRNNVVSKSSSTEVNTYDERAEVERNQHYADLARLATIICFDIETTGFGKERDRIIEIACQDLRGGENSTLQTLINPERDVPNEQIHGISTNMVNRYDIPRMKDFIPVLLQYVRSRQLPGGVVVLVSHNGTSFDVPFLKREFSRCSYEIPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器