当前解析结果
SmilChr02G004945| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004945 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004945 |
| 描述 | probable carboxylesterase 9 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 71402917 - 71408223 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009009 |
|---|---|
| GeneID | 131009009 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009009 |
| 原始查询 | LOC131009009 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable carboxylesterase 9 |
| 产物 | probable carboxylesterase 9 |
| Arabidopsis | AT2G45610 (AT2G45610)alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819169] identity=51.1; qcov=1; evalue=3.4e-112; confidence=high |
| Rice | Os08g0547800- identity=42; qcov=0.994; evalue=3.15e-76; confidence=medium |
| GO | GO:0016787 (hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009009 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057792176.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057792176.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792176.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792176.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792176.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:71403109 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B61 |
Chr2:71403133 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr2:71403174 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr2:71403281 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C56 |
Chr2:71403367 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B95,C14 |
Chr2:71404256 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr2:71404263 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C77 |
Chr2:71404290 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B61 |
Chr2:71404437 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B95,C14 |
Chr2:71404537 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A2 |
Chr2:71404537 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792176.1PF20434
BD-FAE 69-182 aa
PF07859
Abhydrolase_3 76-295 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792176.1 |
Pfam | PF20434 |
BD-FAE | Domain | 69 | 182 | 7.4e-10 | 39.4 | BD-FAE |
XP_057792176.1 |
Pfam | PF07859 |
Abhydrolase_3 | Domain | 76 | 295 | 3.3e-44 | 151.9 | alpha/beta hydrolase fold |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。