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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005043`

染色体: Chr02 坐标: 72146367-72150423 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005043`
名称	SmilChr02G005043
描述	pre-mRNA-splicing factor 38-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	72146367 - 72150423 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009019`
GeneID	`131009019`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009019`
原始查询	`LOC131009019`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pre-mRNA-splicing factor 38-like
产物	pre-mRNA-splicing factor 38-like
Arabidopsis	`AT2G40650` (AT2G40650) PRP38 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818660] identity=82.8; qcov=0.777; evalue=1.33e-81; confidence=high
Rice	`Os09g0103600` - identity=75.1; qcov=0.916; evalue=8.89e-86; confidence=high
GO	GO:0071011 (precatalytic spliceosome)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03371 (PRP38)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009019

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792188.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057792190.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057792188.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792188.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792188.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:72146764`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr2:72146795`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	23	A6,B108,B126,B22,B3,B37,B45,B58,B67,B69,B8,B9,B91,B96,C10,C11,C38,C39,C41,C69,C79,C85,C9
`Chr2:72146849`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	6	B131,B64,B83,C2,C32,C59
`Chr2:72146855`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr2:72146943`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C17
`Chr2:72146943`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C17
`Chr2:72146970`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	110	A11,A14,A15,A16,A18,A19,A24,A25,A3,A5,A7,A8,B101,B102,B103,B108,B109,B110,B111,B113,B119,B120,B122,B125,B127,B128,B130,B131,B132,B135,B137,B138,B139,B140,B18,B19,B20,B21,B22,B28,B29,B30,B31,B36,B40,B42,B43,B44,B45,B46,B5,B50,B51,B52,B54,B57,B59,B6,B64,B65,B69,B7,B70,B73,B74,B75,B76,B79,B8,B82,B86,B89,B92,B98,B99,C1,C11,C16,C18,C19,C21,C27,C28,C31,C32,C4,C40,C41,C44,C46,C49,C5,C50,C52,C61,C63,C68,C69,C7,C70,C73,C78,C79,C8,C80,C83,C85,C87,D3,D4
`Chr2:72147434`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	11	A5,B110,B138,B61,B70,B94,C14,C42,C45,C64,C66
`Chr2:72147441`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	B11,B139,B17,B26,B27,B29,B37,B57,B82,C20,C40,C44,C7,C86,D8
`Chr2:72147463`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,C45,C52
`Chr2:72148328`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr2:72149203`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792188.1

260 aa

130

260

PRP38

PF03371 PRP38 2-127 aa

XP_057792189.1

254 aa

127

254

PRP38

PF03371 PRP38 2-127 aa

XP_057792190.1

202 aa

101

202

PRP38

PF03371 PRP38 2-127 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792188.1`	Pfam	`PF03371`	PRP38	Family	2	127	1.5e-48	165.6	PRP38 family
`XP_057792189.1`	Pfam	`PF03371`	PRP38	Family	2	127	1.5e-48	165.6	PRP38 family
`XP_057792190.1`	Pfam	`PF03371`	PRP38	Family	2	127	8.4e-49	166.4	PRP38 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936206.1
CCATTGAGTTCCGGCATTATATATAGAGTAAAAGAGCCCTCTGAAATTGGGAATTAGGTTTTCGGCCAAAATCTCCGATTGTCAGCTACATTTTTCTTTTTCACGGCGAATCGAACAGACCCCCTCGCTAAAAGCATAAGAGGTACAAACCCCCAAAATCTGGTGGAGAAGATTTTGCGCACGAAAATCTACCAAAATACTTACTGGAAGGAGCAATGCTTCGGGCTGACGGCGGAGATGCTCGTCGACAAGGCCATGGA...

XM_057936207.1
CCATTGAGTTCCGGCATTATATATAGAGTAAAAGAGCCCTCTGAAATTGGGAATTAGGTTTTCGGCCAAAATCTCCGATTGTCAGCTACATTTTTCTTTTTCACGGCGAATCGAACAGACCCCCTCGCTAAAAGCATAAGAGGTACAAACCCCCAAAATCTGGTGGAGAAGATTTTGCGCACGAAAATCTACCAAAATACTTACTGGAAGGAGCAATGCTTCGGGCTGACGGCGGAGATGCTCGTCGACAAGGCCATGGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131009019
ATGCTCGTCGACAAGGCCATGGAGCTCGACCACCTCGGCGGGACTCATGGTGGCACCCGGAAACCCACCCCTTTTATGTGCCTTGTTATGAAGATGCTCCAGATTCAGCCCGACAAGGAAATCGTCGTCGAGTTCATAAAAAATCCTGAGTACAAATATGTCCGTGTGCTTGGAGCTTTTTATTTGCGTTTAACGGGAATGGACGTTGATGTTTACCGTTACTTGGAACCTTTATACAATGATTACCGAAAGCTGAGGCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057792188.1
MLVDKAMELDHLGGTHGGTRKPTPFMCLVMKMLQIQPDKEIVVEFIKNPEYKYVRVLGAFYLRLTGMDVDVYRYLEPLYNDYRKLRLKLNDGKFTLTHVDEYIDELLTKDYSCDIALPRIKKRWTLEGIGSLEPRRSALEDDFEEEEEKEEDDQLADGLDSTVNDKDYYRARSPTREKDRDRKRDSHRNRFLCTGSVQLRSMMDRTIVLCKTNSKSIQCNFFPLLFLLHSISSCIAAVLVKFGGCDSAKNLLVCIFLLSN

XP_057792189.1
MLVDKAMELDHLGGTHGGTRKPTPFMCLVMKMLQIQPDKEIVVEFIKNPEYKYVRVLGAFYLRLTGMDVDVYRYLEPLYNDYRKLRLKLNDGKFTLTHVDEYIDELLTKDYSCDIALPRIKKRWTLEGIGSLEPRRSALEDDFEEEEEKEEDDQLADGLDSTVNDKDYYRARSPTREKDRDRKRDSHRNRFKALHFSPMSILFLQSSIASSLAVVFVFVFILSLSFTLATFLKLVFHFLVRTAEANAMGCRWHG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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