Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005012`

染色体: Chr02 坐标: 71914545-71918322 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005012`
名称	SmilChr02G005012
描述	homeobox protein knotted-1-like 1
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	71914545 - 71918322 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009020`
GeneID	`131009020`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009020`
原始查询	`LOC131009020`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	homeobox protein knotted-1-like 1
产物	homeobox protein knotted-1-like 1
Arabidopsis	`AT1G70510` (KNAT2) homeobox knotted-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843388] identity=49.4; qcov=0.904; evalue=6.03e-74; confidence=high
Rice	`Os01g0302500` (OSH6) - identity=56.9; qcov=0.981; evalue=6.3e-85; confidence=high
GO	GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF00046 (Homeodomain); PF03789 (ELK); PF03790 (KNOX1); PF03791 (KNOX2); PF05920 (Homeobox_KN)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009020

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792191.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792191.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792191.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792191.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057792191.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:71914695`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:71914738`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C14
`Chr2:71914964`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr2:71917532`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,D10,D11
`Chr2:71917543`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr2:71917682`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr2:71917758`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54
`Chr2:71917792`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792191.1

260 aa

130

260

KNOX1

KNOX2

ELK

Homeobox_KN

Homeodomain

PF03790 KNOX1 28-68 aa PF03791 KNOX2 76-123 aa PF03789 ELK 150-169 aa PF05920 Homeobox_KN 190-229 aa PF00046 Homeodomain 198-230 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792191.1`	Pfam	`PF03790`	KNOX1	Family	28	68	9.2e-20	70.8	KNOX1 domain
`XP_057792191.1`	Pfam	`PF03791`	KNOX2	Family	76	123	4.6e-20	71.6	KNOX2 domain
`XP_057792191.1`	Pfam	`PF03789`	ELK	Family	150	169	2.1e-06	28.2	ELK domain
`XP_057792191.1`	Pfam	`PF05920`	Homeobox_KN	Family	190	229	2e-18	66.7	Homeobox KN domain
`XP_057792191.1`	Pfam	`PF00046`	Homeodomain	Domain	198	230	7.3e-07	29.6	Homeodomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936208.1
GTTTTTGTATGTGACCAGACAATAGCGAGTAGTACAGTCAAAAGCGTTACGGTCATGGTTTTGAACCAATAGCCTCTCGAAAAGTAGCCAAGTCATGTCACCTCTCTCTCTCTCTCTCCCGCTGCGCTGCAGTGCCTACTGCCTACTGCCTGCACACACACTTTCATACACGAGTCCGTGTCTACTTTCCGCGCAAACAGGTGTTTTTAATCATTATAGACCCTTCCTCCAATCCTAGTCCCCTCCTAATTCCTCCCTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009020
ATGGATGAGCATCTCTACGCATCGATCTCGCCCTTCCATTATTCATCTTTCGACAGTGATGAAAGTGAGGAGCAAGACCTAATCAAGGCACGGATCGCTAATCACCCCCTTTATCCCGCCTTGCTCTCCTCCTACATCGACTGCACCAAGGTGGGGGCGCCTCCAGAAATGGCGTCGCTTCTCGACCAGATCAGCAAACAAGACCATCCTATATTCATCGCGACGCAGATTGGGACTGATCCTGAGCTCGATTACTTTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792191.1
MDEHLYASISPFHYSSFDSDESEEQDLIKARIANHPLYPALLSSYIDCTKVGAPPEMASLLDQISKQDHPIFIATQIGTDPELDYFMRSYCDALRKYKEELSKPIDEARSFLSSIGSQLTHLCKQTLPSSTTSHHSTDEEMRCGEEVGVELKEMVMRKYSGYVSSLRKEMAKKRKKGKLPKDAISALFQWWNTHYRWPYPTEDDKKRLSETTGLDHKQINNWFINQRKRHWRPSHDMSFALIQGVAPHAHAHASFNDAIL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器