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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004982

染色体: Chr02 坐标: 71701068-71704081 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004982
名称SmilChr02G004982
描述uncharacterized SmilChr02G004982
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71701068 - 71704081 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009031
GeneID131009031
locus_tag-
NCBI NameLOC131009031
原始查询LOC131009031

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OJ1340_C08.130; symbol=OJ1340_C08.130; hit=Os07g0639600; species=rice; confidence=high
产物OJ1340_C08.130; symbol=OJ1340_C08.130; hit=Os07g0639600; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT1G56700 (AT1G56700)
Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842126]
identity=71.6; qcov=0.995; evalue=1.37e-117; confidence=high
RiceOs07g0639600 (OJ1340_C08.130)
-
identity=75.5; qcov=1; evalue=1.17e-124; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0006508 (proteolysis); GO:0016920 (pyroglutamyl-peptidase activity)
KEGG-
PfamPF01470 (Peptidase_C15)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009031

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057792212.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057792212.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057792212.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792212.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792212.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71701436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B108,C23
Chr2:71702176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B15
Chr2:71702196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,D6
Chr2:71703006 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792212.1
219 aa
N
1
110
219
Peptidase_C15
C
PF01470 Peptidase_C15 12-196 aa
XP_057792213.1
219 aa
N
1
110
219
Peptidase_C15
C
PF01470 Peptidase_C15 12-196 aa
XP_057792214.1
219 aa
N
1
110
219
Peptidase_C15
C
PF01470 Peptidase_C15 12-196 aa
XP_057792215.1
219 aa
N
1
110
219
Peptidase_C15
C
PF01470 Peptidase_C15 12-196 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792212.1 Pfam PF01470 Peptidase_C15 Domain 12 196 1.4e-17 65.1 Pyroglutamyl peptidase
XP_057792213.1 Pfam PF01470 Peptidase_C15 Domain 12 196 1.4e-17 65.1 Pyroglutamyl peptidase
XP_057792214.1 Pfam PF01470 Peptidase_C15 Domain 12 196 1.4e-17 65.1 Pyroglutamyl peptidase
XP_057792215.1 Pfam PF01470 Peptidase_C15 Domain 12 196 1.4e-17 65.1 Pyroglutamyl peptidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936231.1
AAATGGCCCCAGCCCAGCCCACCCCACCCCACCCACGTTCTTTATCCATTTACATCTTTTATTTTTTGCTTAGCCCCTAAAAATTCTTCATGAGAGAGAGTAACATCACCCGAAAAGTCGAATCTATTCATTAAACAATAAAATATCATTTAATTAAATGAAATTCAATCAGTTCCTCAAAAACCCACAAAAAATAAATAGAGAAACTAATCAATGTACAGATAAGACTAGTGGTTGAGGCCTGAGGTCATCTCCTCTTT...
XM_057936230.1
TCAATCAGTTCCTCAAAAACCCACAAAAAATAAATAGAGAAACTAATCAATGTACAGATAAGACTAGTGGTTGAGGCCTGAGGTCATCTCCTCTTTAACCTCTTTATTTCATCAATCAGGTTAGCCCAGCAATCAAGAGAAAAAAAGACTCAATCTTTACCCAAAGTTTAACCAGAATTGGTTCACATATTTCATGCTTTGACATTGCTGCATCATTGAGATTGTGTGTTGATAATAGATTGATAGATGGGGTCTGAAGG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131009031
ATGGGGTCTGAAGGTCCTGCTCCTGCAGTAACAGTCCATGTGACAGGGTTCAAGAAATTTCATGGGGTTGCAGAAAATCCAACTGAGACAATTGTGAATAACCTCCAATCCTATATGAAGAAAAGGGGTCTGCCAAAAGGGCTGATTCTTGGTACTTGTACAGTTCTTGAAACTGCAGGACAAGGAGCTCTCGTTCCCTTATATCAAACTTTGCAATCTGCTTTGAGTAAGGATGCCAATGGGCCAAATTTGGGGAGAGT...
LOC131009031
ATGGGGTCTGAAGGTCCTGCTCCTGCAGTAACAGTCCATGTGACAGGGTTCAAGAAATTTCATGGGGTTGCAGAAAATCCAACTGAGACAATTGTGAATAACCTCCAATCCTATATGAAGAAAAGGGGTCTGCCAAAAGGGCTGATTCTTGGTACTTGTACAGTTCTTGAAACTGCAGGACAAGGAGCTCTCGTTCCCTTATATCAAACTTTGCAATCTGCTTTGAGTAAGGATGCCAATGGGCCAAATTTGGGGAGAGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057792212.1
MGSEGPAPAVTVHVTGFKKFHGVAENPTETIVNNLQSYMKKRGLPKGLILGTCTVLETAGQGALVPLYQTLQSALSKDANGPNLGRVIWVHFGVNSGATRFAIEQQAVNEATFRCPDEMGWKPQRVSIVPADGGISRVRETSLPVEEITKSLAKMGYEVTTSDDAGRFVCNYVYYHSLRFAEQNGIKSVFVHVPLFLTIDEETQMQFAATLLEILASID
XP_057792213.1
MGSEGPAPAVTVHVTGFKKFHGVAENPTETIVNNLQSYMKKRGLPKGLILGTCTVLETAGQGALVPLYQTLQSALSKDANGPNLGRVIWVHFGVNSGATRFAIEQQAVNEATFRCPDEMGWKPQRVSIVPADGGISRVRETSLPVEEITKSLAKMGYEVTTSDDAGRFVCNYVYYHSLRFAEQNGIKSVFVHVPLFLTIDEETQMQFAATLLEILASID

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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