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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005072

染色体: Chr02 坐标: 72378471-72381964 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005072
名称SmilChr02G005072
描述folate-binding protein 1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向72378471 - 72381964 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009070
GeneID131009070
locus_tag-
NCBI NameLOC131009070
原始查询LOC131009070

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述folate-binding protein 1
产物folate-binding protein 1
ArabidopsisAT5G27830 (AT5G27830)
folate receptor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832845]
identity=52.4; qcov=0.838; evalue=3.39e-78; confidence=high
RiceOs02g0592500
-
identity=60.1; qcov=0.882; evalue=1.48e-110; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03024 (Folate_rec)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009070

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057792253.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057792253.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057792253.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057792253.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057792253.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:72379929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr2:72380508 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:72380687 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B19,B73,C56,D11
Chr2:72381220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B34,C35
Chr2:72381229 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:72381230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C54,C74
Chr2:72381289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr2:72381292 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792253.1
296 aa
N
1
148
296
Folate_rec
C
PF03024 Folate_rec 49-173 aa
XP_057792254.1
296 aa
N
1
148
296
Folate_rec
C
PF03024 Folate_rec 49-173 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792253.1 Pfam PF03024 Folate_rec Domain 49 173 4.1e-16 60.0 Folate receptor family
XP_057792254.1 Pfam PF03024 Folate_rec Domain 49 173 4.1e-16 60.0 Folate receptor family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936270.1
ATAAATTTCAGTTTCGATAATTTTTTGACAATTGACCAATTTAGGGTTTATTTTTAATTTTTAAGCAATAGTGACTATGATTATGACTGTATGAGGCAGTGAATTTTTCCCCAAATTCGAAAAACAACCAGTCAAGGCCATGGTCAGCTTGCACGATAGTCTCTTCGCGATTCCTTTGTAGTTTATGCCTCAAATTCAATACTGAACTCAAGAAAATAGATAATCGAATATTGTAATGAGGAGATTGCACCATTTCTGCA...
XM_057936271.1
ATTTAGGGTTTATTTTTAATTTTTAAGCAATAGTGACTATGATTATGACTGTATGAGGCAGTGAATTTTTCCCCAAATTCGAAAAACAACCAGTCAAGGCCATGGTCAGCTTGCACGATAGTCTCTTCGCGATTCCTTTGTAGTTTATGCCTCAAATTCAATACTGAACTCAAGAAAATAGATAATCGAATATTGTAATGAGGAGATTGCACCATTTCTGCATCTTCTTCTTCCTCAACTCCATCAATTTTTGGTTCCTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131009070
ATGAGGAGATTGCACCATTTCTGCATCTTCTTCTTCCTCAACTCCATCAATTTTTGGTTCCTCTGCGCCTATGGTAAAACTAGTGAAGTTTGCATTTCTCCTGGTGGTCGATTCCCCCCATTTTCAAATGTAGGCAAGCCCCCCAAGAAAGCAAGCAAAGGTCCCAGAGATCTTACACTTTGCAGGGTTTTCCGCAAAAAGACATGCTGTGATGTAACTCAAACTCACCCTGCTTTGCTATCCATCAGGAGACTTGCATC...
LOC131009070
ATGAGGAGATTGCACCATTTCTGCATCTTCTTCTTCCTCAACTCCATCAATTTTTGGTTCCTCTGCGCCTATGGTAAAACTAGTGAAGTTTGCATTTCTCCTGGTGGTCGATTCCCCCCATTTTCAAATGTAGGCAAGCCCCCCAAGAAAGCAAGCAAAGGTCCCAGAGATCTTACACTTTGCAGGGTTTTCCGCAAAAAGACATGCTGTGATGTAACTCAAACTCACCCTGCTTTGCTATCCATCAGGAGACTTGCATC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057792253.1
MRRLHHFCIFFFLNSINFWFLCAYGKTSEVCISPGGRFPPFSNVGKPPKKASKGPRDLTLCRVFRKKTCCDVTQTHPALLSIRRLASSGEASQECLQLWEFLECSICDPRVGVQRGPPNICASFCDRVYEACSTAYFAMDGKTQVLAPCGVGDFVCGRASEWVSNGTELCNAAGFSVKPLDDPEESSCYGGKGSLDYIANSWKSSRSEIVRREQKTEVVQDFMQLIADMPLSERISWAVGGMVLTAGLLFASRRKTTGQR...
XP_057792254.1
MRRLHHFCIFFFLNSINFWFLCAYGKTSEVCISPGGRFPPFSNVGKPPKKASKGPRDLTLCRVFRKKTCCDVTQTHPALLSIRRLASSGEASQECLQLWEFLECSICDPRVGVQRGPPNICASFCDRVYEACSTAYFAMDGKTQVLAPCGVGDFVCGRASEWVSNGTELCNAAGFSVKPLDDPEESSCYGGKGSLDYIANSWKSSRSEIVRREQKTEVVQDFMQLIADMPLSERISWAVGGMVLTAGLLFASRRKTTGQR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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