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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005102

染色体: Chr02 坐标: 72561030-72563357 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005102
名称SmilChr02G005102
描述magnesium transporter MRS2-4-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向72561030 - 72563357 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009100
GeneID131009100
locus_tag-
NCBI NameLOC131009100
原始查询LOC131009100

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述magnesium transporter MRS2-4-like
产物magnesium transporter MRS2-4-like
ArabidopsisAT3G58970 (MGT6)
magnesium transporter 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825066]
identity=53.4; qcov=0.965; evalue=2.01e-130; confidence=high
RiceOs03g0137700 (OsMRS2-5)
-
identity=40.5; qcov=0.965; evalue=3.39e-84; confidence=medium
GOGO:0015095 (magnesium ion transmembrane transporter activity); GO:0015693 (magnesium ion transport)
KEGG-
PfamPF22099 (MRS2-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009100

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057792296.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057792296.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057792296.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792296.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792296.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:72561318 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C78,C82
Chr2:72561348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B61,B89,C79,D11
Chr2:72561455 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B66,C80
Chr2:72561455 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B66,C80
Chr2:72561477 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C59,C78
Chr2:72561878 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B103,C34,C56
Chr2:72561878 G GA 1bp_insertion CDS_variant 3 B103,C34,C56
Chr2:72561880 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B103,C34,C56
Chr2:72561880 GC G 1bp_deletion CDS_variant 3 B103,C34,C56
Chr2:72561933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B53,B94
Chr2:72561936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr2:72562406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792296.1
402 aa
N
1
201
402
MRS2-like
C
PF22099 MRS2-like 76-330 aa
XP_057792297.1
402 aa
N
1
201
402
MRS2-like
C
PF22099 MRS2-like 76-330 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792296.1 Pfam PF22099 MRS2-like Family 76 330 7.2e-30 104.7 Magnesium transporter MRS2-like
XP_057792297.1 Pfam PF22099 MRS2-like Family 76 330 7.2e-30 104.7 Magnesium transporter MRS2-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936314.1
ACAGAAGATATATGGGCAGGCCTTTACCACCCTGATAGGACCTATAAAACAGCGTTGATACAGAAGATATATGGGCAGACCTTGGAAGAAGATGGTTATGTCGATGGAGCTGGCGAGCACTACAAGCAAGGCATGTGGGAAGAAACGGAAGAAGATGGTCTGGACTATGTTGCCTCCTTCTCGTCCTCCTCGTCTGGCGATGGAGCAGGCGAGCACTACAAGCAAGGCATGTGGAAAGAAGAAGTGGGTCAGCAAGCATC...
XM_057936313.1
ACAGAAGATATATGGGCAGGCCTTTACCACCCTGATAGGACCTATAAAACAGCGTTGATACAGAAGATATATGGGCAGACCTTGGAAGAAGATGGTTATGTCGATGGAGCTGGCGAGCACTACAAGCAAGGCATGTGGGAAGAAACGGAAGAAGATGGTCTGGACTATGTTGCCTCCTTCTCGTCCTCCTCGTCTGGCGATGGAGCAGGCGAGCACTACAAGCAAGGCATGTGGAAAGAAGAAGTGGGTCAGCAAGCATC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131009100
ATGGGCAGACCTTGGAAGAAGATGGTTATGTCGATGGAGCTGGCGAGCACTACAAGCAAGGCATGTGGGAAGAAACGGAAGAAGATGGTCTGGACTATGTTGCCTCCTTCTCGTCCTCCTCGTCTGGCGATGGAGCAGGCGAGCACTACAAGCAAGGCATGTGGAAAGAAGAAGTGGGTCAGCAAGCATCTTTGGATGCGGATAGATAGCCTAGGGCAATCAGAAACTATCGAGTGCGATAAGAGCGTCATCATCAAGCG...
LOC131009100
ATGGGCAGACCTTGGAAGAAGATGGTTATGTCGATGGAGCTGGCGAGCACTACAAGCAAGGCATGTGGGAAGAAACGGAAGAAGATGGTCTGGACTATGTTGCCTCCTTCTCGTCCTCCTCGTCTGGCGATGGAGCAGGCGAGCACTACAAGCAAGGCATGTGGAAAGAAGAAGTGGGTCAGCAAGCATCTTTGGATGCGGATAGATAGCCTAGGGCAATCAGAAACTATCGAGTGCGATAAGAGCGTCATCATCAAGCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057792296.1
MGRPWKKMVMSMELASTTSKACGKKRKKMVWTMLPPSRPPRLAMEQASTTSKACGKKKWVSKHLWMRIDSLGQSETIECDKSVIIKRFSIPARDLGLLGPIFYHPSGIIAREKCMILSLEFIRALVSAEEVMLLDPLQQEVLVFVDQLTRHLSSKNRQHPEASEDELLLPFEFQVLEIALKVTYGYLESSVSQVERNVYPALDEVTKSVSTKNLEYMRTFKSNLTRLLARVHKVRDEIEHLLDDNGDMAQLHLTRNWIQT...
XP_057792297.1
MGRPWKKMVMSMELASTTSKACGKKRKKMVWTMLPPSRPPRLAMEQASTTSKACGKKKWVSKHLWMRIDSLGQSETIECDKSVIIKRFSIPARDLGLLGPIFYHPSGIIAREKCMILSLEFIRALVSAEEVMLLDPLQQEVLVFVDQLTRHLSSKNRQHPEASEDELLLPFEFQVLEIALKVTYGYLESSVSQVERNVYPALDEVTKSVSTKNLEYMRTFKSNLTRLLARVHKVRDEIEHLLDDNGDMAQLHLTRNWIQT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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