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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005133

染色体: Chr02 坐标: 72778933-72781542 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005133
名称SmilChr02G005133
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g41080
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向72778933 - 72781542 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009130
GeneID131009130
locus_tag-
NCBI NameLOC131009130
原始查询LOC131009130

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g41080
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g41080
ArabidopsisAT2G41080 (AT2G41080)
pentatricopeptide (PPR) repeat protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818707]
identity=55.5; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0816600
-
identity=53.4; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009130

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792332.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792332.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792332.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792332.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792332.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:72779460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B89,B95,C57
Chr2:72779482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr2:72779484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C55,C78
Chr2:72779506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B89,B95,C57
Chr2:72779512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B30,B79
Chr2:72779515 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B75,B9,C84,D7
Chr2:72779522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C31,C73,C86
Chr2:72779620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,C48
Chr2:72779665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr2:72779674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B80,B84
Chr2:72779677 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B2
Chr2:72779677 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792332.1
670 aa
N
1
335
670
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 101-128 aa PF01535 PPR 130-158 aa PF13041 PPR_2 158-205 aa PF01535 PPR 161-190 aa PF13812 PPR_3 259-304 aa PF13041 PPR_2 259-305 aa PF01535 PPR 261-291 aa PF01535 PPR 334-355 aa PF13041 PPR_2 365-410 aa PF01535 PPR 367-395 aa PF01535 PPR 400-428 aa PF01535 PPR 437-462 aa PF20431 E_motif 480-541 aa PF20430 Eplus_motif 547-573 aa PF14432 DYW_deaminase 578-670 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 101 128 2.8e-45 150.1 PPR repeat
XP_057792332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 130 158 2.8e-45 150.1 PPR repeat
XP_057792332.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 158 205 4.9e-51 171.4 PPR repeat family
XP_057792332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 161 190 2.8e-45 150.1 PPR repeat
XP_057792332.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 259 304 9.5e-19 68.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792332.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 259 305 4.9e-51 171.4 PPR repeat family
XP_057792332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 261 291 2.8e-45 150.1 PPR repeat
XP_057792332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 334 355 2.8e-45 150.1 PPR repeat
XP_057792332.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 365 410 4.9e-51 171.4 PPR repeat family
XP_057792332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 367 395 2.8e-45 150.1 PPR repeat
XP_057792332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 400 428 2.8e-45 150.1 PPR repeat
XP_057792332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 437 462 2.8e-45 150.1 PPR repeat
XP_057792332.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 480 541 2e-15 57.5 E motif
XP_057792332.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 547 573 6.1e-06 26.6 E+ motif
XP_057792332.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 578 670 1.7e-40 137.4 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936349.1
TTTGCAAACAAATGCCAAATATTTATAATATTTTGTAATTGAGGCTTTCCTAATTGTATATAGACATCCGCATGGACTGAAAAGATGATGTGAATACCGGTATTTACTAAAATACGGAAGGGAATAATTAAATAACATCGTTTTAGTGAGCAATTAAGCACAAAATTGATAAGATCCAAATATTTTTAGTCCACACGAGTGTTCACGTCATCTCTTGGATTCACCCGAGTGTTAAACGATCGTTAAGTCGGAGTGGCTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009130
ATGGGAAAATCATGCTCCAAGCCTCTACATTTCCGGCTCCTTTCCTTTCAAATCACACGTACCCACTCTTTGAGCACCGCCGCCGCCGCCACAGCTGCTGCGCCGGACTCCTTCATTGCGTTGTGCAGGCAAGGCCACCTCAAGCAAGCCTCCACCGGCCACTTCTCGCTCATTTCGTCAGACCCGCCTCTTGTCTCCCACCTCCTCAAAGCATGCGTCAACACCCGCTCTCTTCCGGCGGCCCAACAGCTCCACTCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792332.1
MGKSCSKPLHFRLLSFQITRTHSLSTAAAATAAAPDSFIALCRQGHLKQASTGHFSLISSDPPLVSHLLKACVNTRSLPAAQQLHSIITTSGWSKIKFVSNHLMNAYAKLCRLETALKVFDKMPQRNVMSYNIVIGGHIQNGELGAAVEVFKGMGERNSATWNAIITGMIKNELNEEGLRLFARMHSDGFLSDAYTLASVLRGCAGLRDLIKGEQVHGYAMRLGLELDLVVGNSTAHMYMRCGCLIMAERVIQCMPLCNI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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