当前解析结果
SmilChr02G005136| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005136 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005136 |
| 描述 | probable WRKY transcription factor 69 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 72795106 - 72798295 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009131 |
|---|---|
| GeneID | 131009131 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009131 |
| 原始查询 | LOC131009131 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable WRKY transcription factor 69 |
| 产物 | probable WRKY transcription factor 69 |
| Arabidopsis | AT3G58710 (WRKY69)WRKY DNA-binding protein 69 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825040] identity=46; qcov=0.956; evalue=1.3e-64; confidence=high |
| Rice | Os01g0750100 (WRKY13)- identity=41.1; qcov=0.956; evalue=2.32e-41; confidence=medium |
| GO | GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03106 (WRKY) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009131 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057792333.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792333.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792333.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057792333.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057792333.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:72795298 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B26,B3,B30,B79,B84 |
Chr2:72795329 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,B65 |
Chr2:72795335 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C70 |
Chr2:72795341 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C13 |
Chr2:72795344 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B63 |
Chr2:72795371 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr2:72795422 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B89,C27,C79 |
Chr2:72795427 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C67 |
Chr2:72795438 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C70 |
Chr2:72795484 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C42,C48 |
Chr2:72795500 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C51 |
Chr2:72795533 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,C3,C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792333.1PF03106
WRKY 71-128 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792333.1 |
Pfam | PF03106 |
WRKY | Domain | 71 | 128 | 6.9e-25 | 87.8 | WRKY DNA -binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。