Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005156`

染色体: Chr02 坐标: 72920166-72923263 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005156`
名称	SmilChr02G005156
描述	probable serine/threonine-protein kinase PBL7
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	72920166 - 72923263 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009148`
GeneID	`131009148`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009148`
原始查询	`LOC131009148`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable serine/threonine-protein kinase PBL7
产物	probable serine/threonine-protein kinase PBL7
Arabidopsis	`AT3G58690` (AT3G58690) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825038] identity=74.7; qcov=0.939; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0207700` - identity=65.9; qcov=1.02; evalue=3.91e-173; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009148

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057792355.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792355.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792355.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792355.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792355.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:72920427`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B36,B76,C54,C70
`Chr2:72920521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr2:72920531`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr2:72920549`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B11,B26,B78
`Chr2:72921132`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B89
`Chr2:72921132`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B89
`Chr2:72921234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr2:72921794`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr2:72922073`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792355.1

391 aa

196

391

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 91-296 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 92-365 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792355.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	91	296	5.5e-43	148.0	Protein kinase domain
`XP_057792355.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	92	365	5.9e-46	157.6	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936372.1
ACGGAAGAAGACAAACACAACCTGAGCAGAGAAAAGGAAAGAAATCAGAGGAGAGAGAGTGAGAGAGAGAGAGTCCCCCCTTCCATTGAGACACTGGTGCCCCATTTGTCACTTCAGACTTCAGACTTCACGTTTTCCTTTCCTTCTCTCTCTCTCTCTCACAGCTTCTTCATTTACATTTCGCCATAAAATATTCAGATACATAATACATATATTGGCAGTTTGCGGCAATGGGAGGTGAGAACGAAGATTACAAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009148
ATGGGAGGTGAGAACGAAGATTACAAGAAGGAGAGCATTGCATTGGCTGCAATCCTCGTTTTTGCATCTCTCTCCGTTGCTTCAGTTCTTGTAACATTAACCTACTACTGCTACTTGAGGTACCAACTCTCCAAGCGTGCCAAGATCCAACAACAAAAGATCTACCATGAGGAGAAAGCTAGCAATTTTGCCAACATCCAAGTTGCCACAGAGAGAGGGCTTCAGGTCTTCACTTTCAAGCAGCTGCATTCAGCCACTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792355.1
MGGENEDYKKESIALAAILVFASLSVASVLVTLTYYCYLRYQLSKRAKIQQQKIYHEEKASNFANIQVATERGLQVFTFKQLHSATGGFGKSNVIGRGAFGLVYRGVLQNGRKVAVKLMDQAGKQGENEFTAEVELLGRLASPYLLSLIGFCSESNHKLLVYEFMANGGLQEHLYPISGSKSMPSNLNWETRLRIALEAAKGLEYLHEHVSPPVIHRDFKSSNILLDKNFHAKVSDFGLAKHGPEKAGAHVSTRVLGTQG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器