Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005159`

染色体: Chr02 坐标: 72943290-72944833 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005159`
名称	SmilChr02G005159
描述	phospholipase A1-IIdelta-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	72943290 - 72944833 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009150`
GeneID	`131009150`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009150`
原始查询	`LOC131009150`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phospholipase A1-IIdelta-like
产物	phospholipase A1-IIdelta-like
Arabidopsis	`AT2G42690` (AT2G42690) alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818869] identity=48.6; qcov=1.04; evalue=8.65e-131; confidence=high
Rice	`Os01g0710700` - identity=44.6; qcov=1.05; evalue=1.04e-113; confidence=medium
GO	GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0008970 (glycerophospholipid phospholipase A1 activity)
KEGG	-
Pfam	PF01764 (Lipase_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009150

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057792357.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057792357.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792357.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792357.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792357.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:72943489`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C78
`Chr2:72943489`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C78
`Chr2:72943492`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr2:72943496`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B34,B58,B91,C55
`Chr2:72943496`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B34,B58,B91,C55
`Chr2:72943499`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B94
`Chr2:72943499`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B94
`Chr2:72943538`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B34,B58,B91,C55
`Chr2:72943694`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr2:72943755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B34,B58,C55
`Chr2:72943817`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,B124
`Chr2:72943909`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792357.1

389 aa

194

389

Lipase_3

PF01764 Lipase_3 127-279 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792357.1`	Pfam	`PF01764`	Lipase_3	Domain	127	279	1.3e-29	103.6	Lipase (class 3)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936374.1
AGATATTTATTCGATCAATAACATAAATATCTAATTCAACCGCGAAAAAAAAATGTTAAATTTCCTTTTTGAAACACTATGTATATAGCTATCCATAACCGTTTTCGTGATATCAACTATCAACCACAGCATTTCAGCAAGCAAAGTATACTTATAATTAGGCCATGGAAGAAACCGTTAACGATGTCGTAGCAGAGCCGCCGTCATGGGCGGAGCTCCTCGGCTGCAACAACTGGGAAGGCCTTCTGGACCCCTTAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009150
ATGGAAGAAACCGTTAACGATGTCGTAGCAGAGCCGCCGTCATGGGCGGAGCTCCTCGGCTGCAACAACTGGGAAGGCCTTCTGGACCCCTTAGACCTCTCCCTCCGCCGCTTCCTCCTCCTCTGCGGCGACTTCTGCCAGTGCACCTACGACGCCTTCGACGACGACGACAACTCCCCCTACGCCGGCTCCTCCCGCTACGGCGAGAAATCCTTCTTCCACAAGGTCAAGTTCCCCTCCGCCTCCGCCTATCAGATCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792357.1
MEETVNDVVAEPPSWAELLGCNNWEGLLDPLDLSLRRFLLLCGDFCQCTYDAFDDDDNSPYAGSSRYGEKSFFHKVKFPSASAYQISSFLYATATLDIPVTPDRETSFIGYVATSASTLPGGRGEIYVVWRGTKTNKEWIDVAHFEPVPASAITPAADPAPNVMDGWLRIYTSSNPNSQSQTLSARDQLRAQILQLQGLYKDENLSIVVTGHSLGAALAVLSAFDLVENVVVPDIPVTAVVFGCPRVGDGAFVERLRTHR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器