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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005163

染色体: Chr02 坐标: 72966915-72976046 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005163
名称SmilChr02G005163
描述serine/threonine-protein kinase EDR1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向72966915 - 72976046 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009154
GeneID131009154
locus_tag-
NCBI NameLOC131009154
原始查询LOC131009154

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase EDR1-like
产物serine/threonine-protein kinase EDR1-like
ArabidopsisAT3G58640 (AT3G58640)
Mitogen activated protein kinase kinase kinase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825033]
identity=57; qcov=1.1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0674100
-
identity=59.2; qcov=1.08; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF14381 (EDR1_CTR1_ARMC3_pept)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009154

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057792361.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057792361.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057792364.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792361.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792361.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:72968524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr2:72968660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr2:72970013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr2:72970028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr2:72970104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,D11
Chr2:72970706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C79
Chr2:72971020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B41
Chr2:72971057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:72971509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B72
Chr2:72971513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B46,D11
Chr2:72971524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C79
Chr2:72971539 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792361.1
739 aa
N
1
370
739
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 52-247 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 486-732 aa PF00069 Pkinase 487-729 aa
XP_057792362.1
739 aa
N
1
370
739
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 52-247 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 486-732 aa PF00069 Pkinase 487-729 aa
XP_057792363.1
739 aa
N
1
370
739
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 52-247 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 486-732 aa PF00069 Pkinase 487-729 aa
XP_057792364.1
734 aa
N
1
367
734
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 52-247 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 481-727 aa PF00069 Pkinase 482-724 aa
XP_057792365.1
710 aa
N
1
355
710
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 52-247 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 457-703 aa PF00069 Pkinase 458-700 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792361.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 52 247 4.7e-49 167.7 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057792361.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 486 732 5.1e-58 197.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057792361.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 487 729 1e-50 173.3 Protein kinase domain
XP_057792362.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 52 247 4.7e-49 167.7 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057792362.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 486 732 5.1e-58 197.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057792362.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 487 729 1e-50 173.3 Protein kinase domain
XP_057792363.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 52 247 4.7e-49 167.7 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057792363.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 486 732 5.1e-58 197.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057792363.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 487 729 1e-50 173.3 Protein kinase domain
XP_057792364.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 52 247 4.6e-49 167.7 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057792364.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 481 727 4.9e-58 197.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057792364.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 482 724 1e-50 173.3 Protein kinase domain
XP_057792365.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 52 247 4.4e-49 167.8 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057792365.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 457 703 4.7e-58 197.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057792365.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 458 700 9.4e-51 173.4 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936378.1
CGGTATATAAATTTGAGCATTTCACTGTTACCTCGTTTACATCTATGCTCTCTCTATTTTTTTCTCTCGCAACTTAATACTTCAAACAGATTGCATTGAATTTTTTCTTTGTCGAATTCAGCAGATGAAGTAAGTTGTTTCGCCAGTTGCTGGATTCAAATGTAGTTGAATTTTCGTGCTAAGATCTGCTGGCGGTCACATGTGGCCCTCCATTCGGGTCTGAAAGATAGTTGATGCAGAAATAAGTTTGTTGCTTTTTG...
XM_057936381.1
AAATTTGAGCATTTCACTGTTACCTCGTTTACATCTATGCTCTCTCTATTTTTTTCTCTCGCAACTTAATACTTCAAACAGATTGCATTGAATTTTTTCTTTGTCGAATTCAGCAGATGAAGTAAGTTGTTTCGCCAGTTGCTGGATTCAAATGTAGTTGAATTTTCGTGCTAAGATCTGCTGGCGGTCACATGTGGCCCTCCATTCGGGTCTGAAAGATAGTTGATGCAGAAATAAGTTTGTTGCTTTTTGGAACTGTG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131009154
ATGGACATGGAAAATAGACGAGATGACACTGAGTCTTCACAGCATAGGTCACCTGGTGACAAACAGTCCGGTTCTGTCTCCTTGGATTCCAAGGACAATAATCTGAGAAATAAAGAATTGAATGATGAGGAAAAGTATGATATGTCCTCATGCACTTCAGCATCACAGATTCTTTGGACCACAGGGATGCTCTCTGAGCCAATTCCCAACGGTTTCTACTCTATTGTTGCTGATAAAAAGCTCAAAGAGCTTTACAAAGA...
LOC131009154
ATGGACATGGAAAATAGACGAGATGACACTGAGTCTTCACAGCATAGGTCACCTGGTGACAAACAGTCCGGTTCTGTCTCCTTGGATTCCAAGGACAATAATCTGAGAAATAAAGAATTGAATGATGAGGAAAAGTATGATATGTCCTCATGCACTTCAGCATCACAGATTCTTTGGACCACAGGGATGCTCTCTGAGCCAATTCCCAACGGTTTCTACTCTATTGTTGCTGATAAAAAGCTCAAAGAGCTTTACAAAGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057792361.1
MDMENRRDDTESSQHRSPGDKQSGSVSLDSKDNNLRNKELNDEEKYDMSSCTSASQILWTTGMLSEPIPNGFYSIVADKKLKELYKDIPTIDDLRGLETNGFKVDIILVDAEKDKKLSKLKQYIVALVKGLHANPPAMIKKIAGLVSDVYKRPNLDLSPKKASPEALLSENEGVQLLGQIKYSSCRPRAILFKVLADAVGLESRLVVGLPTEGYSECVDSYKHMSVLVVLNSVELLVDLMRFPGQLIPRSSKAIYMTHIS...
XP_057792362.1
MDMENRRDDTESSQHRSPGDKQSGSVSLDSKDNNLRNKELNDEEKYDMSSCTSASQILWTTGMLSEPIPNGFYSIVADKKLKELYKDIPTIDDLRGLETNGFKVDIILVDAEKDKKLSKLKQYIVALVKGLHANPPAMIKKIAGLVSDVYKRPNLDLSPKKASPEALLSENEGVQLLGQIKYSSCRPRAILFKVLADAVGLESRLVVGLPTEGYSECVDSYKHMSVLVVLNSVELLVDLMRFPGQLIPRSSKAIYMTHIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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