当前解析结果
SmilChr02G005179| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005179 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005179 |
| 描述 | signaling peptide TAXIMIN 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 73085208 - 73087557 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009173 |
|---|---|
| GeneID | 131009173 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009173 |
| 原始查询 | LOC131009173 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | signaling peptide TAXIMIN 1-like |
| 产物 | signaling peptide TAXIMIN 1-like |
| Arabidopsis | AT2G31090 (AT2G31090)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817665] identity=84.9; qcov=0.507; evalue=1.83e-32; confidence=medium |
| Rice | Os01g0214500- identity=71.4; qcov=0.535; evalue=2.12e-37; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28483 (TAXIMIN) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009173 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057792399.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057792399.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792399.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792399.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792399.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:73087237 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B74,B78,B95,C38 |
Chr2:73087334 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 140 | A10,A11,A2,A22,A4,B100,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B112,B113,B114,B115,B118,B119,B120,B122,B123,B124,B126,B128,B129,B13,B130,B133,B134,B135,B136,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B21,B23,B25,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B34,B35,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B48,B49,B50,B53,B55,B57,B58,B59,B6,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B69,B7,B72,B74,B75,B77,B8,B82,B83,B84,B88,B89,B9,B91,B97,C10,C14,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C22,C23,C24,C26,C28,C29,C3,C32,C34,C37,C38,C39,C40,C43,C45,C47,C48,C49,C52,C55,C58,C59,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C7,C70,C72,C77,C78,C79,C8,C81,C84,C85,C87,D10,D2,D4,D9 |
Chr2:73087408 |
T |
TGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 86 | A11,A19,A20,A25,A4,B10,B100,B101,B102,B111,B113,B114,B118,B119,B125,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B138,B14,B17,B19,B23,B25,B28,B32,B37,B38,B39,B42,B43,B44,B45,B46,B5,B51,B55,B57,B62,B67,B68,B77,B80,B85,B86,B91,B93,B97,B99,C1,C11,C12,C15,C2,C22,C23,C24,C26,C3,C35,C37,C39,C42,C45,C46,C51,C54,C62,C69,C70,C71,C72,C74,C77,C80,C83,C86,C9,D1,D4,D5,D6,D9 |
Chr2:73087423 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr2:73087452 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 38 | A11,A14,A15,B1,B105,B113,B119,B122,B129,B130,B132,B134,B14,B23,B28,B42,B43,B49,B50,B54,B59,B68,B79,B8,B80,B87,B93,B97,C22,C26,C3,C37,C39,C45,C70,D4,D5,D9 |
Chr2:73087458 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 38 | A11,A14,A15,B1,B105,B113,B119,B122,B129,B130,B132,B134,B14,B23,B28,B42,B43,B49,B50,B54,B59,B68,B79,B8,B80,B87,B93,B97,C22,C26,C3,C37,C39,C45,C70,D4,D5,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792399.1PF28483
TAXIMIN 68-144 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792399.1 |
Pfam | PF28483 |
TAXIMIN | Family | 68 | 144 | 7.5e-37 | 126.3 | TAXIMIN |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。