Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005191

染色体: Chr02 坐标: 73199416-73201412 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005191
名称SmilChr02G005191
描述cytochrome P450 76A1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73199416 - 73201412 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009184
GeneID131009184
locus_tag-
NCBI NameLOC131009184
原始查询LOC131009184

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 76A1-like
产物cytochrome P450 76A1-like
ArabidopsisAT3G52970 (CYP76G1)
cytochrome P450, family 76, subfamily G, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824463]
identity=40.4; qcov=1; evalue=5.51e-133; confidence=medium
RiceOs03g0248200
-
identity=40.3; qcov=0.943; evalue=1.52e-123; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009184

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057792417.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057792417.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792417.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792417.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792417.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73199695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr2:73199733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:73199748 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B83,C20,C59
Chr2:73199760 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr2:73199848 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,C32,C68,D6
Chr2:73199890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr2:73199972 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B2,B98
Chr2:73199972 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 B2,B98
Chr2:73200015 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B75
Chr2:73200015 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B75
Chr2:73200145 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr2:73200188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792417.1
513 aa
N
1
256
513
p450
C
PF00067 p450 34-496 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792417.1 Pfam PF00067 p450 Domain 34 496 1.4e-99 334.7 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936434.1
AACATACACTAATATGAATGATGTGGCATAAAAGAACAAACGAGACGGCTGAAAATAGCATAACTGCCAAACAAGATTCGAGCACAGTGTTTTTCACTCGAGACAAAAATGTTGGAAGCAAAGAGAAAAAAGAAGGAATCTTTCAATTCACAGTTTTGTATATTCAATGGCAAATATGTATACATATAGTATAGAGTGATCACCATTGATCAAATTATATTAACACTATTTGTAAGCTATGGATTGGATATGGACACTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009184
ATGGATTGGATATGGACACTATGTGTTGGTTTCTTGGTACCGTTCGTGGTCCTTCTCCACTACCGGCGGCAACGGGCGGGCTCGAGCGCGTCCCGGCTGCCCCCGGGCCCACGGGGGTGGCCGGTGTTCGGCAACATGTTCGAGCTCGGCCCGATGCCGCACAAAACTATAGCCGGTTTGAGCCGAGAGCACGGCCCGGTCGTGTGGCTCAGGATCGGCTCGATCGACACGATGGTCGTGCAGACGGCCGCGGCCGCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792417.1
MDWIWTLCVGFLVPFVVLLHYRRQRAGSSASRLPPGPRGWPVFGNMFELGPMPHKTIAGLSREHGPVVWLRIGSIDTMVVQTAAAAADLFKNHDASFVERTITEVMRAHGFDRAAVSLSPPGPYWRAMKRMMTAEMLVQKRIGESEAVRRRCVGEMVGWIGREAGKGNAVRASRTCDGGGVHVARFVFLASFNMLANLMLSQDLVSPDAEEGSEFFAAMIELMSCSGQPNIVDLFPCLRWLDPQGLRRKIDRGMGKTLKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器