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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005341

染色体: Chr02 坐标: 74248420-74250670 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005341
名称SmilChr02G005341
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g12770-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74248420 - 74250670 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009202
GeneID131009202
locus_tag-
NCBI NameLOC131009202
原始查询LOC131009202

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g12770-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g12770-like
ArabidopsisAT3G12770 (MEF22)
mitochondrial editing factor 22 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820459]
identity=51; qcov=0.881; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0205200
-
identity=35.5; qcov=0.837; evalue=6.31e-118; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009202

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792439.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057792439.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792439.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792439.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792439.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74248605 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B70
Chr2:74248605 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 1 B70
Chr2:74248669 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,C26,C49
Chr2:74248676 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,C26,C49
Chr2:74248697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B126,B64,C26,C49
Chr2:74248706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B126,B64,C26,C49
Chr2:74248751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B89
Chr2:74248765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr2:74248775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B17,C31
Chr2:74248776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B17,C31
Chr2:74248814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:74248826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792439.1
632 aa
N
1
316
632
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
E_motif
C
PF13041 PPR_2 110-157 aa PF01535 PPR 114-141 aa PF13041 PPR_2 211-249 aa PF13812 PPR_3 212-248 aa PF01535 PPR 214-243 aa PF12854 PPR_1 313-340 aa PF13041 PPR_2 313-352 aa PF01535 PPR 317-344 aa PF01535 PPR 388-408 aa PF13041 PPR_2 413-461 aa PF01535 PPR 416-445 aa PF01535 PPR 451-478 aa PF20431 E_motif 531-593 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792439.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 110 157 2.4e-54 182.0 PPR repeat family
XP_057792439.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 114 141 1.4e-47 157.4 PPR repeat
XP_057792439.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 211 249 2.4e-54 182.0 PPR repeat family
XP_057792439.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 212 248 4.5e-16 59.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792439.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 214 243 1.4e-47 157.4 PPR repeat
XP_057792439.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 313 340 2.5e-28 98.2 PPR repeat
XP_057792439.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 313 352 2.4e-54 182.0 PPR repeat family
XP_057792439.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 317 344 1.4e-47 157.4 PPR repeat
XP_057792439.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 388 408 1.4e-47 157.4 PPR repeat
XP_057792439.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 413 461 2.4e-54 182.0 PPR repeat family
XP_057792439.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 416 445 1.4e-47 157.4 PPR repeat
XP_057792439.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 451 478 1.4e-47 157.4 PPR repeat
XP_057792439.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 531 593 2e-17 63.9 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936456.1
ATCGAGCAAAATTATTTAATTATACCTATACTGATACATAATCTCATGCCTTCCAAGATTCAAAAACACTACCTGCGTTGCTGCATTTCTTGATGTCATTCACCATCAATTCCCAACAGAAATCCTTCAAATCTCTCCATCTCCCGCTCAAGAACTTCATCTTCAATCCCACATTTTCCCGCCTCCTCTCTAGCAGCACCAGCTGCAGCACTCGCAGTCGCAATTCAATCGCCGCCGAATCTTTCTTCACGTCCCTCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009202
ATGTCATTCACCATCAATTCCCAACAGAAATCCTTCAAATCTCTCCATCTCCCGCTCAAGAACTTCATCTTCAATCCCACATTTTCCCGCCTCCTCTCTAGCAGCACCAGCTGCAGCACTCGCAGTCGCAATTCAATCGCCGCCGAATCTTTCTTCACGTCCCTCATCGCAAAATCAACCCGAAAGATTCATCTCTCCCAAATCCAAAACCAGTTAACCCTCCACGGATTTCATAACAACAGTTTCCTAATAACGAAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792439.1
MSFTINSQQKSFKSLHLPLKNFIFNPTFSRLLSSSTSCSTRSRNSIAAESFFTSLIAKSTRKIHLSQIQNQLTLHGFHNNSFLITKFIARSFELKEIDHARQLFDEIPDRNVFLWNAVIKGYSMQKMFDKVIEMYSAMQSASVAPDAFTFPHVLKACGELPALGYGRALHSQILRHGFGNDVFLQNGLLSLYVKCEESASARLILDLLKCKDVVSWTLIISAYVQKGLPTEALRIFKNMRESSVQPDWIASISALKAYSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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