Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005298

染色体: Chr02 坐标: 73945387-73947616 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005298
名称SmilChr02G005298
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73945387 - 73947616 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009212
GeneID131009212
locus_tag-
NCBI NameLOC131009212
原始查询LOC131009212

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750-like
ArabidopsisAT4G02750 (AT4G02750)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828187]
identity=49.7; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0327200 (P0706E03.7)
-
identity=48.4; qcov=0.962; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009212

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792450.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057792450.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792450.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792450.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792450.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73945535 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B34
Chr2:73945535 TAC T 2bp_deletion CDS_variant 1 B34
Chr2:73945555 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B15
Chr2:73945555 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B15
Chr2:73945560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr2:73945566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C51,C79
Chr2:73945567 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr2:73945624 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,C75,C87
Chr2:73945661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B86,C11,C22
Chr2:73945686 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 24 A14,A21,B108,B114,B16,B17,B18,B24,B31,B38,B58,B67,B68,B70,B97,C19,C37,C56,C65,C67,C70,C72,C78,C9
Chr2:73945742 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 150 A10,A13,A14,A15,A16,A19,A2,A21,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,B106,B107,B108,B109,B11,B113,B114,B117,B118,B120,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B131,B135,B138,B139,B17,B18,B19,B20,B23,B25,B26,B29,B31,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B5,B50,B51,B52,B53,B56,B58,B59,B61,B62,B64,B65,B66,B69,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B85,B89,B90,B92,B95,B96,B99,C1,C11,C12,C15,C16,C2,C20,C21,C22,C25,C27,C29,C30,C31,C35,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C44,C46,C48,C5,C50,C52,C53,C54,C56,C57,C58,C59,C60,C62,C64,C66,C67,C68,C69,C71,C73,C74,C76,C77,C8,C80,C84,C87,C9,D1,D2,D3,D6,D7,D8,D9
Chr2:73945790 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B41,B65,B76,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792450.1
554 aa
N
1
277
554
PPR
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_1
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 69-92 aa PF12854 PPR_1 92-119 aa PF01535 PPR 94-122 aa PF01535 PPR 126-153 aa PF01535 PPR 157-184 aa PF01535 PPR 187-216 aa PF13041 PPR_2 215-248 aa PF12854 PPR_1 216-243 aa PF01535 PPR 218-247 aa PF13041 PPR_2 246-294 aa PF13812 PPR_3 247-293 aa PF01535 PPR 249-277 aa PF01535 PPR 284-311 aa PF12854 PPR_1 314-345 aa PF01535 PPR 321-345 aa PF20431 E_motif 364-426 aa PF14432 DYW_deaminase 462-554 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792450.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 69 92 6.3e-67 218.0 PPR repeat
XP_057792450.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 92 119 8.8e-48 160.4 PPR repeat
XP_057792450.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 94 122 6.3e-67 218.0 PPR repeat
XP_057792450.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 126 153 6.3e-67 218.0 PPR repeat
XP_057792450.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 157 184 6.3e-67 218.0 PPR repeat
XP_057792450.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 187 216 6.3e-67 218.0 PPR repeat
XP_057792450.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 215 248 1.8e-59 198.3 PPR repeat family
XP_057792450.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 216 243 8.8e-48 160.4 PPR repeat
XP_057792450.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 218 247 6.3e-67 218.0 PPR repeat
XP_057792450.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 246 294 1.8e-59 198.3 PPR repeat family
XP_057792450.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 247 293 6.7e-19 68.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792450.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 249 277 6.3e-67 218.0 PPR repeat
XP_057792450.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 284 311 6.3e-67 218.0 PPR repeat
XP_057792450.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 314 345 8.8e-48 160.4 PPR repeat
XP_057792450.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 321 345 6.3e-67 218.0 PPR repeat
XP_057792450.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 364 426 1.8e-21 76.8 E motif
XP_057792450.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 462 554 5.6e-39 132.6 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936467.1
TTCAAATTCAGTCTTACTTTTGCTTCTTCTTTCTTCACAAAAATCGGCGAGCAGAGAAAACAGAGCTTAATTCCTAAATGTATTCAGCTCAGGGTTTTTCTCATTCCATGCGGTTCAGACATCTCCACACAACCATCTTGCGCTCGTCGCGCAACAGAGCAAGATCTAATGGGCAGCCTCAAAATGCAAACCATCTCTTCAAACAACCCTCCACTGAGCCACCGGCGAGGCCTAGAACCAACGATTTTACGCGCTCCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009212
ATGTATTCAGCTCAGGGTTTTTCTCATTCCATGCGGTTCAGACATCTCCACACAACCATCTTGCGCTCGTCGCGCAACAGAGCAAGATCTAATGGGCAGCCTCAAAATGCAAACCATCTCTTCAAACAACCCTCCACTGAGCCACCGGCGAGGCCTAGAACCAACGATTTTACGCGCTCCGACATGGTTCAATGCACGGTAGCTATCAGAGACCACATACGCAATGGCCAATACGACGACGCGTTGCATTTATTCAACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792450.1
MYSAQGFSHSMRFRHLHTTILRSSRNRARSNGQPQNANHLFKQPSTEPPARPRTNDFTRSDMVQCTVAIRDHIRNGQYDDALHLFNSMPRKNEVTYGTMIFGCFSNGQVKLAHQLFDEMPLKNSFAWNIMIKGNIKHNNLEAAQRLFDDMPVKDVYAWNVILSGYVENGLMEEAKRVFEEMPVKDVVSWTTILSGYVQIGLMDEVTRIFEEMPVKNVVSWNTILCGYMQNGMLDEGKRVFDEMPLKNVFSWSTIINGYAT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器