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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005272

染色体: Chr02 坐标: 73807139-73810785 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005272
名称SmilChr02G005272
描述beta-glucuronosyltransferase GlcAT14A-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73807139 - 73810785 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009239
GeneID131009239
locus_tag-
NCBI NameLOC131009239
原始查询LOC131009239

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-glucuronosyltransferase GlcAT14A-like
产物beta-glucuronosyltransferase GlcAT14A-like
ArabidopsisAT4G03340 (AT4G03340)
Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827969]
identity=80.5; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0143500 (P0473D02.40-1)
-
identity=70.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015020 (glucuronosyltransferase activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF02485 (Branch)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009239

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057792487.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057792487.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792491.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792491.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792491.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73808093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B89,C78
Chr2:73808195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C85
Chr2:73808327 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,B65
Chr2:73808333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr2:73808439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:73809765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B44,B6,B98,C63
Chr2:73809966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C26
Chr2:73810093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr2:73810120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr2:73810254 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr2:73810357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C30,C35
Chr2:73810385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792487.1
436 aa
N
1
218
436
Branch
C
PF02485 Branch 89-348 aa
XP_057792488.1
436 aa
N
1
218
436
Branch
C
PF02485 Branch 89-348 aa
XP_057792489.1
436 aa
N
1
218
436
Branch
C
PF02485 Branch 89-348 aa
XP_057792490.1
436 aa
N
1
218
436
Branch
C
PF02485 Branch 89-348 aa
XP_057792491.1
358 aa
N
1
179
358
Branch
C
PF02485 Branch 11-270 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792487.1 Pfam PF02485 Branch Family 89 348 2.2e-80 270.5 Core-2/I-Branching enzyme
XP_057792488.1 Pfam PF02485 Branch Family 89 348 2.2e-80 270.5 Core-2/I-Branching enzyme
XP_057792489.1 Pfam PF02485 Branch Family 89 348 2.2e-80 270.5 Core-2/I-Branching enzyme
XP_057792490.1 Pfam PF02485 Branch Family 89 348 2.2e-80 270.5 Core-2/I-Branching enzyme
XP_057792491.1 Pfam PF02485 Branch Family 11 270 1.3e-80 271.3 Core-2/I-Branching enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936504.1
TCAATTTAGTAGTATTAAAATTTCCAAATCCCAAAACCCAAATCGCCACACTAATTTTGTCATACTTTACCATTATAGAAGCTGCATAAAATTAATCGAAGCCACTTAATTTAATAATTGTGGTTGTTAATAATTTAACTCGAAACCCATCTCTTAAGCAATCCGTACGGCTCTTTCTCTCTCTTCTCACCCAACTTTACTCTTTCATGTCGGAAACTTACAACGGCAGCAGCGATGTTTTCCTTCATTTCTAGCATAGC...
XM_057936505.1
TCAATTTAGTAGTATTAAAATTTCCAAATCCCAAAACCCAAATCGCCACACTAATTTTGTCATACTTTACCATTATAGAAGCTGCATAAAATTAATCGAAGCCACTTAATTTAATAATTGTGGTTGTTAATAATTTAACTCGAAACCCATCTCTTAAGCAATCCGTACGGCTCTTTCTCTCTCTTCTCACCCAACTTTACTCTTTCATGTCGGAAACTTACAACGGCAGCAGCGATGTTTTCCTTCATTTCTAGCATAGC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131009239
ATGAGGAAAAATGTCAATCCTCATTCAGGAAGGATGTTTAGTGATAGAAGATGGAAAATGCCATTCTTTGTGAATTTGCTTGTGTCGATCACTCTATTTACCGGCACCATTTTCGGGTTATATCTGTCTCAATATGGCCGGGATCAGTTACAATTTGATGCCAAGTCGTTCGAGGATGCTGAGGAGTCGGAGGGGTATTTCATAGAGTCTGAACTGAGGAAGTCTTTAGAATTGATGGAGGTTGCTCGAGTCGAACCACC...
LOC131009239
ATGAGGAAAAATGTCAATCCTCATTCAGGAAGGATGTTTAGTGATAGAAGATGGAAAATGCCATTCTTTGTGAATTTGCTTGTGTCGATCACTCTATTTACCGGCACCATTTTCGGGTTATATCTGTCTCAATATGGCCGGGATCAGTTACAATTTGATGCCAAGTCGTTCGAGGATGCTGAGGAGTCGGAGGGGTATTTCATAGAGTCTGAACTGAGGAAGTCTTTAGAATTGATGGAGGTTGCTCGAGTCGAACCACC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057792487.1
MRKNVNPHSGRMFSDRRWKMPFFVNLLVSITLFTGTIFGLYLSQYGRDQLQFDAKSFEDAEESEGYFIESELRKSLELMEVARVEPPRLAYLISGTKGDSQRMLRTLQAVYHPRNQYILHMDLEAPPRERLNLTISVKNDPTFSVVENVRVMAQSNLVTYKGPTMIACTLQAIAILLKESLNWDWFINLSASDYPLMTQDDMLYVFSNLSRNLNFIEHTQIYGWKLNQRAKPIIIDPGLYLSKKSDIAWTTQRRSLPTSF...
XP_057792488.1
MRKNVNPHSGRMFSDRRWKMPFFVNLLVSITLFTGTIFGLYLSQYGRDQLQFDAKSFEDAEESEGYFIESELRKSLELMEVARVEPPRLAYLISGTKGDSQRMLRTLQAVYHPRNQYILHMDLEAPPRERLNLTISVKNDPTFSVVENVRVMAQSNLVTYKGPTMIACTLQAIAILLKESLNWDWFINLSASDYPLMTQDDMLYVFSNLSRNLNFIEHTQIYGWKLNQRAKPIIIDPGLYLSKKSDIAWTTQRRSLPTSF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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