当前解析结果
SmilChr02G005264| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005264 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005264 |
| 描述 | mannan endo-1,4-beta-mannosidase 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 73734651 - 73738574 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009240 |
|---|---|
| GeneID | 131009240 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009240 |
| 原始查询 | LOC131009240 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mannan endo-1,4-beta-mannosidase 2-like |
| 产物 | mannan endo-1%2C4-beta-mannosidase 2-like |
| Arabidopsis | AT2G20680 (MAN2)Glycosyl hydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816596] identity=71.6; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0746700 (MAN2)- identity=55.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0071704 (GO:0071704) |
| KEGG | smil00051 (Fructose and mannose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00150 (Cellulase); PF26410 (GH5_mannosidase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009240 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.80000 | XP_057792492.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057792492.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792492.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792492.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792492.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:73734912 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C24 |
Chr2:73734963 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr2:73735161 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C86 |
Chr2:73735269 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B16,B90,B92,D11 |
Chr2:73735531 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr2:73735601 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,B40 |
Chr2:73737579 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B138,B31 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792492.1PF26410
GH5_mannosidase 44-383 aa
PF00150
Cellulase 57-380 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792492.1 |
Pfam | PF26410 |
GH5_mannosidase | Domain | 44 | 383 | 2.6e-52 | 178.8 | GH family 5 beta-mannosidase-like |
XP_057792492.1 |
Pfam | PF00150 |
Cellulase | Domain | 57 | 380 | 2e-11 | 44.6 | Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。