当前解析结果
SmilChr01G003010| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003010 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003010 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G003010 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 49138262 - 49139979 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009274 |
|---|---|
| GeneID | 131009274 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009274 |
| 原始查询 | LOC131009274 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0315200- identity=37.9; qcov=0.354; evalue=1.89e-26; confidence=low |
| GO | GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009274 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057792547.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057792547.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057792547.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792547.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792547.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:49138397 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B47,C18 |
Chr1:49138397 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B47,C18 |
Chr1:49138438 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,B79 |
Chr1:49138440 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr1:49138453 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr1:49138657 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr1:49138734 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B18 |
Chr1:49138939 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C23,C26 |
Chr1:49138983 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A24,B109,B26,B82 |
Chr1:49139020 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr1:49139087 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792547.1PF03732
PEG10_N-capsid 76-155 aa
PF19259
Ty3_capsid 76-235 aa
PF13650
Asp_protease_2 273-359 aa
PF13975
gag-asp_proteas 273-362 aa
PF08284
RVP_2 276-377 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 281-377 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792547.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 76 | 155 | 2.3e-14 | 54.2 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
XP_057792547.1 |
Pfam | PF19259 |
Ty3_capsid | Domain | 76 | 235 | 7.5e-09 | 36.0 | Ty3 transposon capsid-like protein |
XP_057792547.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 273 | 359 | 2.3e-05 | 25.7 | Aspartyl protease |
XP_057792547.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 273 | 362 | 3.2e-07 | 31.5 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057792547.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 276 | 377 | 5.7e-32 | 111.1 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057792547.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 281 | 377 | 1e-12 | 49.2 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。