Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005314

染色体: Chr02 坐标: 74029957-74031686 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005314
名称SmilChr02G005314
描述transcription factor MYB41-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74029957 - 74031686 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009277
GeneID131009277
locus_tag-
NCBI NameLOC131009277
原始查询LOC131009277

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor MYB41-like
产物transcription factor MYB41-like
ArabidopsisAT4G21440 (MYB102)
MYB-like 102 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826916]
identity=49.1; qcov=1.13; evalue=3.35e-99; confidence=high
RiceOs07g0558100 (OsMyb7)
-
identity=89.2; qcov=0.417; evalue=2.6e-85; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009277

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792548.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792548.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792548.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792548.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057792548.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74030142 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr2:74030171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr2:74030184 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr2:74030226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr2:74030433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr2:74030453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr2:74030867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr2:74030876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B65
Chr2:74030944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr2:74030969 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B101,B88
Chr2:74030978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr2:74031001 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792548.1
309 aa
N
1
154
309
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 14-61 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 17-76 aa PF00249 Myb_DNA-binding 67-111 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 71-114 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792548.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 14 61 6.8e-36 122.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057792548.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 17 76 1.9e-20 73.5 Myb-like DNA-binding domain
XP_057792548.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 67 111 6.8e-36 122.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057792548.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 71 114 1.9e-20 73.5 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936565.1
ATTTCTTAACTCGGACCTACACAACTTAGTCTTCTTACAAAACATCATCTCCTTCTCTCAAAGCTTCTCCAAAACTCATCACATTCTTCACTCTCACACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATCAACATGGGAAGAACACCTTGCTGCGACAAAAATGGCCTCAAGAAAGGCCCGTGGACTCCCGAAGAAGACGCGAAGCTCACTCAATACATCCACGCCCACGGCGCCGGAAATTGGAGAAATCTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009277
ATGGGAAGAACACCTTGCTGCGACAAAAATGGCCTCAAGAAAGGCCCGTGGACTCCCGAAGAAGACGCGAAGCTCACTCAATACATCCACGCCCACGGCGCCGGAAATTGGAGAAATCTTCCCAAAAATGCCGGCCTTCAGAGATGCGGGAAGAGTTGTCGACTGCGCTGGACCAATTATCTAAGGCCAGATATCAAGAGGGGAAGATTCTCATTCGAGGAAGAAGAAACCATAATCCAACTCCATAGTGTTCTTGGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792548.1
MGRTPCCDKNGLKKGPWTPEEDAKLTQYIHAHGAGNWRNLPKNAGLQRCGKSCRLRWTNYLRPDIKRGRFSFEEEETIIQLHSVLGNKWSAIAERLPGRTDNEIKNYWNTHIRKRLLRMGIDPVTHAPRLDLLDLSSLFNSPQLSLLRLLNPEALRLAATLVSSNGGVDAQLMLNSQLQNQLQAAPPIQPNHFENIIIDQQIPPNINNNSFHNHQSQYQQVFQDDLMPTANASDFGQIRADLSENSSFQSMNTNSSGSNN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器