当前解析结果
SmilChr02G005237| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005237 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005237 |
| 描述 | eyes absent homolog |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 73555437 - 73559520 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009282 |
|---|---|
| GeneID | 131009282 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009282 |
| 原始查询 | LOC131009282 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | eyes absent homolog |
| 产物 | eyes absent homolog |
| Arabidopsis | AT2G35320 (EYA)eyes absent-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818099] identity=59; qcov=0.964; evalue=1.97e-127; confidence=high |
| Rice | Os06g0110100 (OsEya1)- identity=55; qcov=0.951; evalue=6.16e-117; confidence=high |
| GO | GO:0004725 (protein tyrosine phosphatase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0007275 (multicellular organism development); GO:0030154 (cell differentiation); GO:0045739 (positive regulation of DNA repair) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009282 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057792556.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057792556.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792556.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792556.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057792556.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:73555567 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B80,C28,C38,C75 |
Chr2:73555583 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 25 | B114,B133,B134,B15,B19,B28,B32,B44,B46,B47,B48,B75,B84,B87,B91,C17,C21,C3,C56,C65,C77,C84,C85,D1,D6 |
Chr2:73555792 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
Chr2:73555831 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,B61 |
Chr2:73557152 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C21,C54,C73 |
Chr2:73557187 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C21,C54,C73 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。