Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005346`

染色体: Chr02 坐标: 74278747-74282868 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005346`
名称	SmilChr02G005346
描述	peroxisome biogenesis protein 22
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	74278747 - 74282868 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009288`
GeneID	`131009288`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009288`
原始查询	`LOC131009288`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	peroxisome biogenesis protein 22
产物	peroxisome biogenesis protein 22
Arabidopsis	`AT3G21865` (PEX22) peroxin 22 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821741] identity=66.2; qcov=1.05; evalue=3.05e-122; confidence=high
Rice	`Os04g0629000` - identity=60.7; qcov=0.876; evalue=2.07e-95; confidence=high
GO	GO:0007031 (peroxisome organization)
KEGG	-
Pfam	PF22978 (HAD_Pex22)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009288

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057792566.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057792566.1`
3	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	1.00000	`XP_057792566.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792566.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792566.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:74280517`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	C12,C14
`Chr2:74280517`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	C12,C14
`Chr2:74280588`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B36,D11
`Chr2:74280588`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B36,D11
`Chr2:74280596`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B83,C59,C68
`Chr2:74280631`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,B66,B7
`Chr2:74280639`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A14,C2,C58
`Chr2:74280639`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	3	A14,C2,C58
`Chr2:74280644`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	A14,C2,C58
`Chr2:74280644`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	3	A14,C2,C58
`Chr2:74280664`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr2:74281668`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B66,B7,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792566.1

267 aa

134

267

HAD_Pex22

PF22978 HAD_Pex22 115-266 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792566.1`	Pfam	`PF22978`	HAD_Pex22	Domain	115	266	2.5e-45	154.3	Peroxisome biogenesis protein 22, Haloacid dehydrogenase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936583.1
TATTGAAGGTATATTAAAACCTTATGCATAAATTTGATTGAAAATATTATCGCGAATATCACCGCAGCGAAGAGAGAGAATAATTGGGTTGAATTGAAAACGGTGGAATAAAACTTTGTATAAAGCAAAAAATTTCAAAACCCCCTTCTTCCTATCGCTTTCTTGCTCTTCCTTCCTCATCGATGTATTAATTCTTCTTCTTGTTATTTTTTTTTCTCAGTCTAAGTGTGAGAAGCTTCTTGAGCTTCAGTTTCCCAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009288
ATGGCTGAAAATTCCAAGGAAGATTTTCTGCAGTTGATCAAGCGAGTCGGGGCTTTCCTGACCGTCAAGATTTCGAATTTACTCCGCCGCCTGGATTCACGATCTTTTGGGGCTGTAGCAGGGCTAGCGTTAGCAATAATTTTTACTTGGAGACTATTAAGAACACCTAGAGGACCACAACGAAGGCAACCTAAAAGGCAGGCATCATCAGCTAGTAGTTCTGGTGTTAGTAGTCATGCAAGTGCAAATGCCGGGTCGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792566.1
MAENSKEDFLQLIKRVGAFLTVKISNLLRRLDSRSFGAVAGLALAIIFTWRLLRTPRGPQRRQPKRQASSASSSGVSSHASANAGSSEVFTPPEDPTTQNVIDEFFQPLKPTLSQIVRQRLNEGRKVTCRLLGVILEESSPEELQKQATVRSSVLEVLLEITKFCDLYLMERVLDDESEKNVLVALENAGVFTSSGLVKDKVLFCSTEIGRTSFVRQLEPDWHIDSNPEITTQLARFIKSQLHVSPVQLERPAANVFTTP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器