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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005203

染色体: Chr02 坐标: 73287249-73289952 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005203
名称SmilChr02G005203
描述uncharacterized SmilChr02G005203
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73287249 - 73289952 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009304
GeneID131009304
locus_tag-
NCBI NameLOC131009304
原始查询LOC131009304

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0036297 (interstrand cross-link repair); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009304

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792585.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792585.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792585.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792585.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057792585.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73288509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C77
Chr2:73288537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B43,B91,C56,C64
Chr2:73288551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B59,B87,B96,C2,C79
Chr2:73288611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B40,B75,B80
Chr2:73288625 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B87,C2
Chr2:73288625 G GGT 2bp_insertion CDS_variant 2 B87,C2
Chr2:73288636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr2:73288640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:73288690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:73288722 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B113
Chr2:73288724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr2:73288731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096420.1
GTATTATTTCACGAAGGAATCTTGCAGCGTTCTATTTCGAAGTGCGTCACAATCAGCGAGCCAAGTTTTTGGTTTCGTTCTCAGTTGTAGCTGCGATGCTTGGCATGGCATTTATGCGAGTTCCACCTACGAGGGGTTTTCTTTCAAAAAGCAAAGATGTCCATCGTTCGCCCGAGAAGAAGACGCATTCCTACTGTGCTCACCGGTGGCTCATCTAGCCGTCCCATGAACCTTTTCCCGAATGAAAGATCAAGAAGCAT...
XM_057936602.1
GTATTATTTCACGAAGGAATCTTGCAGCGTTCTATTTCGAAGTGCGTCACAATCAGCGAGCCAAGTTTTTGGTTTCGTTCTCAGTTGTAGCTGCGATGCTTGGCATGGCATTTATGCGAGTTCCACCTACGAGGGGTTTTCTTTCAAAAAGCAAAGATGTCCATCGTTCGCCCGAGAAGAAGACGCATTCCTACTGTGCTCACCGGTGGCTCATCTAGCCGTCCCATGAACCTTTTCCCGAATGAAAGATCAAGAAGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009304
ATGTCCATCGTTCGCCCGAGAAGAAGACGCATTCCTACTGTGCTCACCGGTGGCTCATCTAGCCGTCCCATGAACCTTTTCCCGAATGAAAGATCAAGAAGCATCTTCGCCTTGCTTGATGGGTATGATGATCGGTCTGATAATGGTCCGCCACCATCACTAGATTCACATATGGAAATGAACACTGACGACGTTCCTGTCGTTAATGTCCAAGACTCCAGTGATGGGGAAGGTACCGACGAAGCTACTTCCCGTCCGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792585.1
MSIVRPRRRRIPTVLTGGSSSRPMNLFPNERSRSIFALLDGYDDRSDNGPPPSLDSHMEMNTDDVPVVNVQDSSDGEGTDEATSRPSYCKICIMESKKVKTHGEASNQIRKETPLKCVICFSATTEGGTHHPHAMRCGHIFGKSCIDSWIGAKMPSTVSPCLFFWVNVYFFHFFFMHLRFAYVCVGCSVQCALKFRKIPCSSICS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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