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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005200

染色体: Chr02 坐标: 73264918-73265770 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005200
名称SmilChr02G005200
描述protein DMP7
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73264918 - 73265770 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009306
GeneID131009306
locus_tag-
NCBI NameLOC131009306
原始查询LOC131009306

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DMP7
产物protein DMP7
ArabidopsisAT4G28485 (DMP7)
transmembrane protein, putative (DUF679 domain membrane protein 7) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828966]
identity=53; qcov=1; evalue=1.01e-73; confidence=high
RiceOs05g0562800
-
identity=51.7; qcov=1.04; evalue=5.34e-73; confidence=high
GOGO:0010256 (endomembrane system organization)
KEGG-
PfamPF05078 (DUF679)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009306

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057792587.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057792587.1
3 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057792587.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057792587.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792587.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73265436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B135,B70,C27,C74
Chr2:73265503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B74,C81
Chr2:73265551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792587.1
199 aa
N
1
100
199
DUF679
C
PF05078 DUF679 32-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792587.1 Pfam PF05078 DUF679 Family 32 194 1.5e-65 220.8 Protein of unknown function (DUF679)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936604.1
ATCCTTTCCTAGGGATTAATTAATCAAATCCCTCCCAAAAAAAAAAACCACATCTAAATCCAAAAATAAAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAATGGAAAATTCACAAGCCCCATTCCTCGAAAACCAACCGCCGGCGAAGCCGCCGAAGACGCCGCGGCAGAAGGTGGTGCGGAAGGCGTTCAAGGGGACGGCGCACCTCTCCAAACTCCTCCCCACCGGATCCGTCCTCACGTTCCAGTTCCTGTCGCCGATCGTCACGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009306
ATGGAAAATTCACAAGCCCCATTCCTCGAAAACCAACCGCCGGCGAAGCCGCCGAAGACGCCGCGGCAGAAGGTGGTGCGGAAGGCGTTCAAGGGGACGGCGCACCTCTCCAAACTCCTCCCCACCGGATCCGTCCTCACGTTCCAGTTCCTGTCGCCGATCGTCACGCACGACGGGAAATGCCGCTCGATCGTGAGCCAGGGCGCCACCGCCGCCGTGCTGGCGTTCTGCGCCGCCACGTGCTTCGCGATGAGCTTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792587.1
MENSQAPFLENQPPAKPPKTPRQKVVRKAFKGTAHLSKLLPTGSVLTFQFLSPIVTHDGKCRSIVSQGATAAVLAFCAATCFAMSFTDSFRDERGKVRYGVATFRGLWVVDGSGGLTPEEAADYRVRLVDFVHAFLSIAIFAAVAMFDKNVVGCFWPSPSEEALEILTALPVTVGVVCGLFFVMFPTRRHGVGFPLSRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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