Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005287

染色体: Chr02 坐标: 73892448-73893263 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005287
名称SmilChr02G005287
描述NDR1/HIN1-like protein 6
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73892448 - 73893263 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009308
GeneID131009308
locus_tag-
NCBI NameLOC131009308
原始查询LOC131009308

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述NDR1/HIN1-like protein 6
产物NDR1/HIN1-like protein 6
ArabidopsisAT1G65690 (AT1G65690)
Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842880]
identity=32.8; qcov=0.934; evalue=1.66e-28; confidence=low
RiceOs08g0324200 (OsSTA209)
-
identity=43.8; qcov=0.827; evalue=2.35e-33; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009308

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057792589.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792589.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792589.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792589.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792589.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73892679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,B84,D9
Chr2:73892797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B114,B4,C84
Chr2:73892824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A24,B136,D11
Chr2:73892833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B108,C78
Chr2:73892959 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B7,B93
Chr2:73893007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:73893049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,D9
Chr2:73893138 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B38,B39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936606.1
ATATCCTGCAACGAAACCCTAGTTCCATCTTCGGTTGAAGCCTCCATCAATCCGTGTCTCTCACAATGTGTGGTAGCTGTTTGAAGTGCATCGGCTGCTGCTGCTGCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCTCGCCCTCGCCCTCGTCGCCTCCTACTACTACGCCCTCTACGTCCCGCAGGTCCCCACCTACGAGGTCGAGCGCCTCGACGTCCGGGCCCTCGACCTCCGCCCCGACCTCACCCTCGACGCCGCCGTCCTCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009308
ATGTGTGGTAGCTGTTTGAAGTGCATCGGCTGCTGCTGCTGCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCTCGCCCTCGCCCTCGTCGCCTCCTACTACTACGCCCTCTACGTCCCGCAGGTCCCCACCTACGAGGTCGAGCGCCTCGACGTCCGGGCCCTCGACCTCCGCCCCGACCTCACCCTCGACGCCGCCGTCCTCGCCACCGTCCGGGCCTCCAACCCCAACGCCAACATCGGCTTCCTCTACGGGGACAAGGGCCGCGTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792589.1
MCGSCLKCIGCCCCLLFLLLLALALVASYYYALYVPQVPTYEVERLDVRALDLRPDLTLDAAVLATVRASNPNANIGFLYGDKGRVDVVFNDTDVLCTGRPPHFRQGHRNVTKIRVDMAGSNRVGPGLQAALEENRKSHRPVPLVVKVEMPIRVVVEGVPLREFTVYLNSSMLVDNLAPNKTMTIISSETSYYFEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器