Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003067`

染色体: Chr01 坐标: 49515952-49520308 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003067`
名称	SmilChr01G003067
描述	uncharacterized SmilChr01G003067
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	49515952 - 49520308 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009330`
GeneID	`131009330`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009330`
原始查询	`LOC131009330`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0543900; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os02g0543900; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os02g0543900` - identity=47.5; qcov=0.157; evalue=3.67e-17; confidence=weak
GO	GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02902 (Peptidase_C48); PF13952 (DUF4216)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009330

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792617.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792617.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792617.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792617.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057792617.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:49516710`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr1:49516712`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	18	A13,A9,B129,B14,B18,B2,B4,B52,B58,B73,B89,B91,C18,C19,C34,C51,C8,C87
`Chr1:49516717`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B123,B79,C39,D4
`Chr1:49516845`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr1:49516857`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,B82,C48
`Chr1:49516888`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr1:49516896`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr1:49516918`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B140,C17,C63,C75
`Chr1:49517031`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:49517035`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	27	A16,A18,B11,B114,B118,B12,B132,B137,B2,B50,B65,B67,B71,B79,B82,B93,C18,C20,C26,C50,C73,C81,C86,C87,D4,D5,D8
`Chr1:49517044`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	D10
`Chr1:49517044`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792617.1

629 aa

314

629

DUF4216

Peptidase_C48

PF13952 DUF4216 26-94 aa PF02902 Peptidase_C48 445-623 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792617.1`	Pfam	`PF13952`	DUF4216	Domain	26	94	2.2e-20	73.7	Domain of unknown function (DUF4216)
`XP_057792617.1`	Pfam	`PF02902`	Peptidase_C48	Domain	445	623	6e-10	40.0	Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936634.1
ATGCAAGTTTCAAGTGCAAAGGACAAAAAACCAATTGTCACAGATATGGTGTTCTATGGGGTAATTCAAGAAATTTGGGAGCTAGACTACCAAGCCTTTCGAGTTGTAGTGTTCAAATGTGATTGGGTGAATAATAAAAATGGCATGAGAGTAGATGATCTTGGTTTTACCTTAGTGAACTTTAAAAGAATTGGGTTCAAACTCGATTCTTTTATTTTGGGACATCAAGCTAAACAAGTGTTCTACGTTGATGACCCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009330
ATGCAAGTTTCAAGTGCAAAGGACAAAAAACCAATTGTCACAGATATGGTGTTCTATGGGGTAATTCAAGAAATTTGGGAGCTAGACTACCAAGCCTTTCGAGTTGTAGTGTTCAAATGTGATTGGGTGAATAATAAAAATGGCATGAGAGTAGATGATCTTGGTTTTACCTTAGTGAACTTTAAAAGAATTGGGTTCAAACTCGATTCTTTTATTTTGGGACATCAAGCTAAACAAGTGTTCTACGTTGATGACCCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792617.1
MQVSSAKDKKPIVTDMVFYGVIQEIWELDYQAFRVVVFKCDWVNNKNGMRVDDLGFTLVNFKRIGFKLDSFILGHQAKQVFYVDDPHDPLWSVVLSCPRKEYTTITDDSDFEDISLCHQAVTKGFPNMSLNDEHDENELPYVREDCFVVTMVTKESDDTGVDSKDTKSSTQRKEMQSYIGVLARQEVKIGYEVDKNWKAGCSESAGVKWRQWKSNLYKKYIAPYKGDPAKLKNPPPGSGILREDWSQFVMSRITEKFEKH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器