Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005378`

染色体: Chr02 坐标: 74451981-74457085 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005378`
名称	SmilChr02G005378
描述	transcription factor MYB101-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	74451981 - 74457085 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009361`
GeneID	`131009361`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009361`
原始查询	`LOC131009361`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor MYB101-like
产物	transcription factor MYB101-like
Arabidopsis	`AT2G32460` (MYB101) myb domain protein 101 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817807] identity=83.8; qcov=0.278; evalue=5.09e-70; confidence=weak
Rice	`Os01g0812000` (GAMYB) - identity=73; qcov=0.299; evalue=2.94e-66; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009361

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792638.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792638.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792638.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792638.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057792638.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:74453225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr2:74453384`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,C78
`Chr2:74453499`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,B16
`Chr2:74453583`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,C10,C24,C50,C72
`Chr2:74453707`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr2:74453762`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B138,B31,C8
`Chr2:74453790`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr2:74456692`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B37,C39
`Chr2:74456700`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr2:74456773`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	A5,B108,B111,B124,B135,B7,C38,C77,C78,C79,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792638.1

421 aa

210

421

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

PF00249 Myb_DNA-binding 19-66 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 22-80 aa PF00249 Myb_DNA-binding 72-116 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 75-119 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792638.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	19	66	2.1e-34	118.1	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057792638.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	22	80	3.6e-18	66.2	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057792638.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	72	116	2.1e-34	118.1	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057792638.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	75	119	3.6e-18	66.2	Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936655.1
AGCCCCCATTTTTCCCTACTCAAGTTTGGTCCCACAACCTCTCTCTCTCTCATCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCAATCTTTGCACCTTCATTCATCAATTTGATACATGGCGCCTGATGTTTGCGAAGGTTTAAGGAATTCTAGCAGGCATGCGCTGAAGAAGGGGCCGTGGACGACGTCGGAGGACTTGCTGCTGCTGGAATACGTGAAGAAGCACGGCGAGGGCAACTGGAACGCAGTTCAGAGGAATTCTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009361
ATGGCGCCTGATGTTTGCGAAGGTTTAAGGAATTCTAGCAGGCATGCGCTGAAGAAGGGGCCGTGGACGACGTCGGAGGACTTGCTGCTGCTGGAATACGTGAAGAAGCACGGCGAGGGCAACTGGAACGCAGTTCAGAGGAATTCTGGGCTCATGCGATGCGGCAAGAGCTGCCGCCTCCGCTGGGCCAACCATTTGAGGCCCCATCTCAAGAAAGGCGCCTTCTCCGTTGACGAGGAAAACCTCATCGTCGAGCTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792638.1
MAPDVCEGLRNSSRHALKKGPWTTSEDLLLLEYVKKHGEGNWNAVQRNSGLMRCGKSCRLRWANHLRPHLKKGAFSVDEENLIVELHAKMGNKWARMASQLPGRTDNEIKNYWNTRLKRRQRAGLPIYPHEIIAEQGQQHRRNNPPQPSLTSLHRRNPNPLITFASPMIASSEINRSGPHLYANNHQLKLYHDGINGGLTLSLDASNSLMSSSTFLNQGLVVNQLPINSLVHQYNSLNPVSYGLGALGLPSIQSAAVLTP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器