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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005411

染色体: Chr02 坐标: 74598765-74599655 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005411
名称SmilChr02G005411
描述uncharacterized SmilChr02G005411
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74598765 - 74599655 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009381
GeneID131009381
locus_tag-
NCBI NameLOC131009381
原始查询LOC131009381

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0154500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os01g0154500; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G01140 (AT5G01140)
-
identity=27; qcov=1.06; evalue=6.7e-15; confidence=low
RiceOs01g0154500
-
identity=28.1; qcov=1.08; evalue=4.11e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF05056 (DUF674)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009381

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792671.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057792671.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057792671.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792671.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792671.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74598909 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B46,B77
Chr2:74598909 T TA 1bp_insertion CDS_variant 2 B46,B77
Chr2:74599000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:74599012 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:74599073 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,C29,C33
Chr2:74599085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,C29,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792671.1
220 aa
N
1
110
220
DUF674
DUF674
C
PF05056 DUF674 7-184 aa PF05056 DUF674 136-213 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792671.1 Pfam PF05056 DUF674 Family 7 184 8.5e-36 124.5 Protein of unknown function (DUF674)
XP_057792671.1 Pfam PF05056 DUF674 Family 136 213 8.5e-36 124.5 Protein of unknown function (DUF674)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936688.1
TGAATTTGTTGAAGGCATCCTTGACGTCCCCAACTCCATTGTCGGACATCATCCTAAATAAAACAACACAGCTGAGTTACTCTACACTCATGGTGTCTCAGCCACACACCGGAAACGAAGAGAATCCCAATAACTCTACGAATTTAAGTTTGAAAGTGATGATACAACAATCTACTGGTAAGGTTGTGCATGCTCAAGCTAATAAACAGTTTGTAGAGTTTCTGTTTAGTTTCCTCTACATCCCATTGGTAGGAGTTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009381
ATGGTGTCTCAGCCACACACCGGAAACGAAGAGAATCCCAATAACTCTACGAATTTAAGTTTGAAAGTGATGATACAACAATCTACTGGTAAGGTTGTGCATGCTCAAGCTAATAAACAGTTTGTAGAGTTTCTGTTTAGTTTCCTCTACATCCCATTGGTAGGAGTTGAGCATCTTCTTGCCGGTAGCACTGGTGTTAAGGCTATAGACAACTTGTACCGGAACACATCCGACGTTATAGATAGCAAGCATTTCATTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792671.1
MVSQPHTGNEENPNNSTNLSLKVMIQQSTGKVVHAQANKQFVEFLFSFLYIPLVGVEHLLAGSTGVKAIDNLYRNTSDVIDSKHFITPDMKKRLTKPTLPHGYVSKDYIFPLTEESLPADYDQTSNFSSVKFPNGRGSYLKGSPAYHVADDLTVTPFCFASTLSSLKEQEISISDVKEVEMQIGLKEALSILKASLTSSTALTDALLTRKSLKRPKREKV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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