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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003095

染色体: Chr01 坐标: 49776377-49778196 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003095
名称SmilChr01G003095
描述uncharacterized SmilChr01G003095
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49776377 - 49778196 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009390
GeneID131009390
locus_tag-
NCBI NameLOC131009390
原始查询LOC131009390

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835448]; symbol=AT5G53670; hit=AT5G53670; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835448]; symbol=AT5G53670; hit=AT5G53670; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G53670 (AT5G53670)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835448]
identity=39.3; qcov=0.94; evalue=2.52e-17; confidence=low
RiceOs04g0629600
-
identity=25.6; qcov=1.13; evalue=4.81e-09; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009390

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057792680.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057792680.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057792680.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792680.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792680.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49776377 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B27
Chr1:49776377 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B27
Chr1:49776503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C31
Chr1:49776515 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr1:49776522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,C13,C57
Chr1:49776540 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B54,B86,C13,C59
Chr1:49776797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C6,C85
Chr1:49776816 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,C13,C47,C49
Chr1:49776868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr1:49776876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A21,B120,B30,C55
Chr1:49776896 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 15 B103,B125,B139,B21,B32,B34,B69,B87,B97,C18,C20,C23,C25,C39,C56
Chr1:49776903 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B103,B2,B42,B50,C13,C16,C47,C49,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936697.1
ATGGCTTCAGCTACTTCGTCTTCCGCTGCCACAATATCTTCTAACATCAATTCTGTGCCCATGCTTAATGGGACTAATTTCAAGGAATGGAAAAGGCACTTGATGATAGTGCTTGGCTGTATGGAATTAGACCTTGCACTTAGGGCGGAACAACCCGCACCTCTCACTGCAGACAGCGCCCCTGATGATAAAAGGGATTTTGAGAGGGGTCCAGATTCTGAGGAGATTACTAGTGCTAAAGATTTCCTTGACGAAATTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009390
ATGGCTTCAGCTACTTCGTCTTCCGCTGCCACAATATCTTCTAACATCAATTCTGTGCCCATGCTTAATGGGACTAATTTCAAGGAATGGAAAAGGCACTTGATGATAGTGCTTGGCTGTATGGAATTAGACCTTGCACTTAGGGCGGAACAACCCGCACCTCTCACTGCAGACAGCGCCCCTGATGATAAAAGGGATTTTGAGAGGGGTCCAGATTCTGAGGAGATTACTAGTGCTAAAGATTTCCTTGACGAAATTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792680.1
MASATSSSAATISSNINSVPMLNGTNFKEWKRHLMIVLGCMELDLALRAEQPAPLTADSAPDDKRDFERGPDSEEITSAKDFLDEIEQRFAKNDKVEMTSLLTSLMSMKYKGQGNVREYIMEMFHLGSKLKALKIELSEELLVLMRKKG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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