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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005438

染色体: Chr02 坐标: 74783142-74784810 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005438
名称SmilChr02G005438
描述uncharacterized SmilChr02G005438
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74783142 - 74784810 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009400
GeneID131009400
locus_tag-
NCBI NameLOC131009400
原始查询LOC131009400

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819786]; symbol=AT3G06130; hit=AT3G06130; species=arabidopsis; confidence=low
产物Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819786]; symbol=AT3G06130; hit=AT3G06130; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G06130 (AT3G06130)
Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819786]
identity=35.4; qcov=0.422; evalue=1.83e-10; confidence=low
RiceOs01g0125600 (P0044F08.14)
-
identity=35.9; qcov=0.416; evalue=3.4e-09; confidence=low
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009400

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792691.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057792691.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792691.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792691.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792691.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74783323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C4
Chr2:74783396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B104,D10
Chr2:74783398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B104,D10
Chr2:74783407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B104,D10
Chr2:74783440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B32,C22,C35,D11
Chr2:74783443 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D10
Chr2:74783449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B104,D10
Chr2:74783984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B120,B33,B74,C56
Chr2:74783990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C73,C80
Chr2:74784017 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B117

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936708.1
CTAAACGCAAGAGTTAGAGAAAACAAAAAAATCGTGTTGACAAGTTTTCCACCAAGAAATTTATCCCTCATGGAGAATGGATATGCAACTTTGCGTTGTGTTTTAAAAGTGCACCTTCGTTGTGATGCATGCAAGAGACACACCATGGAAATACTAGGTTCCATTGTTGGCACATACGATATTACTATGGATGCAGAGAGAAGAACAGCCATGATTGTGGGGCAAGTCGAGCCAAACTATTGTATCAGAGCTATAACCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009400
ATGGAGAATGGATATGCAACTTTGCGTTGTGTTTTAAAAGTGCACCTTCGTTGTGATGCATGCAAGAGACACACCATGGAAATACTAGGTTCCATTGTTGGCACATACGATATTACTATGGATGCAGAGAGAAGAACAGCCATGATTGTGGGGCAAGTCGAGCCAAACTATTGTATCAGAGCTATAACCAGATGCGACGGACACGCAGAACTCGTGTGGGCAAATCTCAGCCATCCAAGGACACGTGGCACATCGTACGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792691.1
MENGYATLRCVLKVHLRCDACKRHTMEILGSIVGTYDITMDAERRTAMIVGQVEPNYCIRAITRCDGHAELVWANLSHPRTRGTSYGYGSSSYYDSFGESYGMWREDPTRSIPDYSYTANNINYDRRRRDPYYPLIDYTIPYHIEESMNLCSIL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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