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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005439

染色体: Chr02 坐标: 74786173-74789076 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005439
名称SmilChr02G005439
描述uncharacterized SmilChr02G005439
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74786173 - 74789076 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009404
GeneID131009404
locus_tag-
NCBI NameLOC131009404
原始查询LOC131009404

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transmembrane protein, putative (DUF1068) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839330]; symbol=AT1G05070; hit=AT1G05070; species=arabidopsis; confidence=high
产物transmembrane protein, putative (DUF1068) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839330]; symbol=AT1G05070; hit=AT1G05070; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G05070 (AT1G05070)
transmembrane protein, putative (DUF1068) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839330]
identity=65.9; qcov=0.989; evalue=3.06e-81; confidence=high
RiceOs03g0777500 (OSJNBa0010I09.2)
-
identity=55.6; qcov=0.966; evalue=3.53e-60; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF06364 (DUF1068)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009404

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057792699.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057792699.1
3 Growth cone Growth cone 0.20000 XP_057792699.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792699.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792699.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74786417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,C72
Chr2:74786443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792699.1
175 aa
N
1
88
175
DUF1068
C
PF06364 DUF1068 7-169 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792699.1 Pfam PF06364 DUF1068 Family 7 169 7.9e-81 270.5 Protein of unknown function (DUF1068)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936716.1
TTCAGTCTCCACTGTGTTGGATTCGATTTATGATGAACACACTGATTCACAGTTCACACTCGCATTCTAATCTCTATTGGGATCTCATCACGCATTGGAGTAAGATTGATTTCGAAGCGCATGTAGCTCTGCTGATTCACATCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGGGGAAAAATGGCAGTGAGAACTGGGGTTTTGAAGGCAGTGCTTGGTTTAATGGCGATTTGCTTGGCAGCGTATATAGTGGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009404
ATGGCAGTGAGAACTGGGGTTTTGAAGGCAGTGCTTGGTTTAATGGCGATTTGCTTGGCAGCGTATATAGTGGGCCCGCCTCTGTACTGGCACTTGATGGAGGGATTGGCCTCTGCTTCTGCTACTTGTCCTTCTTGTAACTGTGATTGTGATGATGCTTTGCCCCTTCTCTCAATTCCTAAAGGACTTCATAATGCTTCCTTTGCAGAGTGCGCAAAGCACGACCCAGATGTGAGTGAGGACACACAGAAGAATTTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792699.1
MAVRTGVLKAVLGLMAICLAAYIVGPPLYWHLMEGLASASATCPSCNCDCDDALPLLSIPKGLHNASFAECAKHDPDVSEDTQKNFAELLSEELKLREAEALENQQRADMALLEAKKMTSQYQKEADKCNSGMETCEEAREKSEAALLAQKQVTAMWEQRARQRGWKEGTGRAQS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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