当前解析结果
SmilChr02G005444| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005444 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005444 |
| 描述 | protein NRT1/ PTR FAMILY 6.4 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 74817922 - 74820746 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009407 |
|---|---|
| GeneID | 131009407 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009407 |
| 原始查询 | LOC131009407 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein NRT1/ PTR FAMILY 6.4 |
| 产物 | protein NRT1/ PTR FAMILY 6.4 |
| Arabidopsis | AT3G21670 (AT3G21670)Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821721] identity=68.2; qcov=0.971; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0580900 (OsNRT1.3A)- identity=69.3; qcov=0.929; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0010167 (response to nitrate); GO:0015112 (nitrate transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00854 (PTR2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009407 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057792702.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792702.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792702.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792702.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057792702.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:74818281 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr2:74818320 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B3 |
Chr2:74818321 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B22,C42,D1 |
Chr2:74818328 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B113,B59,B6,C63 |
Chr2:74818360 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:74818687 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B56,B96,C23 |
Chr2:74818694 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:74818708 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C2,C32,C68,D4 |
Chr2:74818714 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B56,B96,C23 |
Chr2:74818715 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B111,B120,B33,C56 |
Chr2:74818717 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr2:74818726 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792702.1PF00854
PTR2 99-514 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792702.1 |
Pfam | PF00854 |
PTR2 | Family | 99 | 514 | 3.9e-100 | 336.2 | POT family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。