Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005446`

染色体: Chr02 坐标: 74827194-74828545 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005446`
名称	SmilChr02G005446
描述	paired amphipathic helix protein Sin3-like 3
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	74827194 - 74828545 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009409`
GeneID	`131009409`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009409`
原始查询	`LOC131009409`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	paired amphipathic helix protein Sin3-like 3
产物	paired amphipathic helix protein Sin3-like 3
Arabidopsis	`AT5G15020` (SNL2) SIN3-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831354] identity=30.7; qcov=0.461; evalue=9.42e-15; confidence=low
Rice	`Os05g0100500` - identity=28.4; qcov=0.467; evalue=1.45e-10; confidence=low
GO	GO:0003714 (transcription corepressor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF02671 (PAH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009409

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792704.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792704.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792704.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792704.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057792704.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:74827267`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr2:74827315`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A23
`Chr2:74827315`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A23
`Chr2:74827318`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A23
`Chr2:74827318`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A23
`Chr2:74827321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B102,B17,B31,C44
`Chr2:74827470`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr2:74827484`	`C`	`CAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	6	B111,B13,B28,B3,C40,C77
`Chr2:74827487`	`C`	`CGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	12	A3,B11,B13,B28,B45,B46,B53,B94,C14,C74,D10,D7
`Chr2:74827494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B57,B7,C72
`Chr2:74827513`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr2:74827525`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792704.1

332 aa

166

332

PAH

PF02671 PAH 27-70 aa PF02671 PAH 113-156 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792704.1`	Pfam	`PF02671`	PAH	Repeat	27	70	1.3e-20	73.5	Paired amphipathic helix repeat
`XP_057792704.1`	Pfam	`PF02671`	PAH	Repeat	113	156	1.3e-20	73.5	Paired amphipathic helix repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936721.1
TATTTTCGTAGAAAAAATATTACTAATTATATATATAATACACACACATCAAATTATCAAAGCCATGGCTCCTCCCTTCACCGCAGCCCTAAATTTCATACGCGAAGTCAAGTCCGCCGCCGCCGCCGCCGGCGACGGCGGCCAAACCTACGCCGAGTTTCTCCAAACACTAAAGCAATACCGCAAAAGAAACTTAGATCCTTCCATCGTAATTTCCACCGCCCTAACACTCTTCCGCAACCACCCTAACCTACTCGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009409
ATGGCTCCTCCCTTCACCGCAGCCCTAAATTTCATACGCGAAGTCAAGTCCGCCGCCGCCGCCGCCGGCGACGGCGGCCAAACCTACGCCGAGTTTCTCCAAACACTAAAGCAATACCGCAAAAGAAACTTAGATCCTTCCATCGTAATTTCCACCGCCCTAACACTCTTCCGCAACCACCCTAACCTACTCGATGGCTTCAAGCATTTCGCGCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCGGCGGAGGAGAATTCCGGCCTCGAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792704.1
MAPPFTAALNFIREVKSAAAAAGDGGQTYAEFLQTLKQYRKRNLDPSIVISTALTLFRNHPNLLDGFKHFAPAAAAAAAEENSGLEFLNRVRLRSCADFLNRVGARFDGGGAYREFLERMHAYSRGEITAAAVADEVTGIFGKSNGDLVREFARFLPESPDGEGEGSKKKNIEGSRKRKTDWTDDEGIKRRRNSSPVGGAAVNQPKTLPMPPEKHGLRAAEADNDMEDLLCEIDVRIGRLKSARRSVKRLRRRITRGRVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器